Information about the protein (task 1) Uniprot ID W8QL66_BACPU Uniprot AC W8QL66 Refseq ID WP_00834899.1 PDB ID 4QOL; 4QOML; 4QON; 4QOO; 4QOP; 4QOQ; 4QOP; Length 491 AA Molecular weight 56708 Da Name Catalase Comments In PDB this protein is represented by 4 chains and some ligands, the structure is well known.

Sessions of search (task 3) Search Text of request All Reviewed Comments By RecName name:catalase name:"1 11 1 6" 10609 145 By RecName and family name:catalase name:"1 11 1 6" taxonomy:bacillaceae 948 5 By RecName and phylum name:catalase name:"1 11 1 6" taxonomy:firmicutes 1737 29 By name name:myosin 19104 461 By name and class name:myosin taxonomy:phaeophyceae 22 0 By name and domain name:myosin taxonomy:fungi 1528 57 Trypsin name:trypsin 11309 301 Trypsin inhibitor name:trypsin name:inhibitor 2258 203

Uniref search (task 2)
Uniref	Uniref100	Uniref90	Uniref50
Uniref ID	UniRef100_W8QL66	UniRef90_W6ANB4	UniRef50_Q59635
Number of members	1	35	1792
Comments	UniRef90_W6ANB4 contains 34 catalases from Bacillus and one - from Streptococcus pneumoniae. UniRef50_Q59635 contains only organisms from Lactobacillales.

Я сравнила запись о моем белке в Uniprot c записью RefSeq. На первый взгляд, запись Uniprot подробнее: там есть информация о протеоме, в который он входит, о кодирующей его нуклеотидной последовательности, о функциях белка, его кофакторах, а также информация о наличии его в разных базах данных и идентификаторы для них. Еще там есть ключевые слова, которые призваны облегчить поиск нужной последовательности в базе. В записи RefSeq этого нет, зато там можно найти информацию о регионах, входящих в последовательность и о сайтах связывания субстратов и кофакторов.

Я просмотрела историю изменений записи о моем белке в Uniprot. Запись появилась 2014-05-14 и с тех пор изменялась 18 раз. Самые первые изменения касались в основном функций белка, а более поздние - ключевых слов и баз данных . Последнее изменение было 2016-04-13.

В записи Uniprot могут быть представлены различные особенности данного белка. Например, нестандартные аминокислотные остатки (селеноцистеин или пирролизин), посттрансляционная модификация (фосфорилирование, гликозилирование, ...), альтернативный сплайсинг, дисульфидные связи, варианты последовательности. В записи они обычно указываются в поле FT. Например, посттрансляционная модификация (PTM) будет записана так:

FT   MOD_RES     246    246       Phosphoserine; by CaMK4 and SIK1.
FT                                {ECO:0000269|PubMed:10958686}.

Первая колонка - название поля, вторая - особенность (в данном случае - модификация остатка), 2 следующие - начало и конец модификации в цепи, последняя - описание и ссылки. Еще модификация обычно описана в поле CC.