Банки нуклеотидных последовательностей


     CDS             167743..167955
                     /locus_tag="CRDC_01025"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="hypothetical protein"
                     /protein_id="AGS06689.1"
                     /translation="MDLLKVNIFFFNYFIMKKEKICNKTKKNLTKNLLIFKKMYYLYY
                     LKMINRKKFFISKKFTIRINCKLICC"
     gene            170962..171711
                     /gene="dapF" 
     mRNA            complement(<16784..>18553)
                     /gene="IMA3"
                     /locus_tag="YIL172C"
                     /product="oligo-1,6-glucosidase IMA3"
                     /transcript_id="NM_001179518.1"
                     /db_xref="GeneID:854635"
     rep_origin      136098..136338
                     /note="ARS911;
                     Autonomously Replicating Sequence"
                     /db_xref="SGD:S000118395"
     tRNA            5136..5205
                     /product="tRNA-Trp"
                     /note="codon recognized: UGA"
                     /anticodon=(pos:5167..5169,aa:Trp,seq:tca)
     D-loop          15715..16825
     repeat_region   324831..325164
                     /note="Ty1 LTR"
                     /rpt_type=long_terminal_repeat
                     /db_xref="SGD:S000007016"
     centromere      355629..355745
                     /note="CEN9; Chromosome IX centromere"
                     /db_xref="SGD:S000006470"
     intron          complement(86211..87265)
                     /gene="rpl16"
                     /locus_tag="HZ11_p028"
                     /number=1
     misc_feature    34722..34750
                     /note="tip of inverted repeats; Region: loop sequence"

3. Cостояние дел в одном из массовых геномных проектов

Название проекта	I5k initiative (arthropods)
Цель	Секвенировать 5,000 геномов 50 насекомых и родственных им членистоногих, для лучшего понимания их эволюции и филогении
Дата начала	9 мая 2012
Ссылка на страницу	i5k initiative
Организация	i5k Consortium
Страна	США
Планируемое число геномов	5,000
Кол-во образцов на 2016 год	139
Кол-во секвенированных геномов на 2016 год	33
Последняя публикация по проекту	PubMed
Дата завершения	В далеком будущем

4. Таблица митохондриальных генов одного из организмов указаного таксона

Мне достался таксон Rhizaria. Я нашла все полные митохондриальные геномы этого таксона с помощью такого запроса:
"Rhizaria"[Organism] AND ("complete genome"[TITLE] OR "complete sequence"[TITLE]) AND (mitochondrion[TITLE])
Нашлось 5 записей: 3 в GenBank и 2 в Refseq, причем записи в Refseq повторяли 2 записи в GenBank, то есть по факту, нашлось всего 3 митохондриальных генома. Я взяла организм Lotharella oceanica штамма CCMP622 (на рисунке справа). О его геноме 2 записи: в GenBank и в Refseq.

Таблица митохондриальных генов Lotharella oceanica

Сначала я хотела взять Spongospora subterranea, так как он, на мой взгляд, интереснее, но в БД не оказалось его генов.

5. Размеры геномов

Взято отсюда: Genome list

	Вироиды	Вирусы, бактериофаги	Бактерии, археи	Эукариоты
Минимальный	246	220	104827	662517
Типичный	300	10000	5000000	15000000
Максимальный	434	2473870	25142600	27602700000

№	Ключ	Описание	Пример
1	CDS	Кодирующая последовательность	CDS 167743..167955 /locus_tag="CRDC_01025" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="hypothetical protein" /protein_id="AGS06689.1" /translation="MDLLKVNIFFFNYFIMKKEKICNKTKKNLTKNLLIFKKMYYLYY LKMINRKKFFISKKFTIRINCKLICC"
2	gene	Ген	gene 170962..171711 /gene="dapF"
3	mRNA	Матричная РНК	mRNA complement(<16784..>18553) /gene="IMA3" /locus_tag="YIL172C" /product="oligo-1,6-glucosidase IMA3" /transcript_id="NM_001179518.1" /db_xref="GeneID:854635"
4	rep_origin	Стартовый сайт для репликации	rep_origin 136098..136338 /note="ARS911; Autonomously Replicating Sequence" /db_xref="SGD:S000118395"
5	tRNA	Зрелая тРНК	tRNA 5136..5205 /product="tRNA-Trp" /note="codon recognized: UGA" /anticodon=(pos:5167..5169,aa:Trp,seq:tca)
6	D-loop	D-петля тРНК	D-loop 15715..16825
7	repeat_region	Участок, содержащий повторяющиеся фрагменты	repeat_region 324831..325164 /note="Ty1 LTR" /rpt_type=long_terminal_repeat /db_xref="SGD:S000007016"
8	centromere	Центромера хромосомы	centromere 355629..355745 /note="CEN9; Chromosome IX centromere" /db_xref="SGD:S000006470"
9	intron	Интрон	intron complement(86211..87265) /gene="rpl16" /locus_tag="HZ11_p028" /number=1
10	misc_feature	Новая или редкая особенность, не описываемая другими ключами	misc_feature 34722..34750 /note="tip of inverted repeats; Region: loop sequence"