echo NC010103.fasta >> list.txt
 echo NC010167.fasta >> list.txt
 echo NC010740.fasta >> list.txt
 echo NC012442.fasta >> list.txt
 seqret @list.txt out.fasta 

  seqretsplit seqs4.fasta fasta::*.fasta 

 echo seqs3.gb:1[2:15] >> list.txt
 echo seqs3.gb:2[4:20:r] >> list.txt
 echo seqs3.gb:3[100:125] >> list.txt 
 seqret @list.txt fasta::out.fasta

 transeq human_mito_cds.fasta fasta::out.fasta -table 2 

 transeq seq.fasta out.fasta -frame 6 

 seqret fasta::D_AgeI.fasta msf::D_AgeI.msf 

 infoalign aln.msf stdout -only -name -simcount | head -n 2 | tail -n 1 

 SplZORFHP_3   27 

 featcopy NC_009894.gbk gff::out.gff 

 extractfeat NC_009894.gbk fasta::out.fasta -featinname 1 -describe product 

 shuffle -o out.gbk NC_009894.gbk 
 

 cusp human_mito_cds.fasta codons.cusp 

 compseq human_mito_cds.fasta out.compseq -word 2 -calcfreq 1 

 tranalign cdss_D-ddeI.fasta proteins_D-DdeI.fasta fasta::out.fasta

2.Сравнение геномов

2а. Я взяла два полных генома бактерий: Bacillus pumilus strain NJ-M2 и Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 . Для них я построила выравнивание с помощью blast2seq. Параметры: программа BLASTN 2.5.1+; Word size 16; Expect value 10; Match/Mismatch scores 2,-3; Gapcosts 5,2. На рис.1 карта выравнивания. Параметры выравнивания:

Рис.1. Карта выравнивания.

На рис.2 я обозначила основные эволюционные события. Их было немного. При первом взгляде на карту выравнивания может показаться, что имеет место транслокация. Однако, так как хромосомы кольцевые, это нельзя считать верным. Видно, что выровнялись прямая цепь BACPU и обратная BACSU, однако это не имеет значения, так как понятия прямой и обратной цепи условны. Остальные события - это вставки в геноме BACPU (либо делеции в BACSU) под цифрами 1, 2, 3, 5, 6 в красной рамке, и вставка в геноме BACSU (либо делеция в BACPU) под цифрой 4 в красной рамке. В синей рамке расположено нечто, что я интерпретировала как транслокацию с последовавшей делецией в BACSU.

Рис.2. Карта выравнивания с отмеченными эволюционными событиями.

Я вырезала эти фрагменты из соотв. геномов и поискала их гомологи c помощью megablast в Nucleotide Collection. Это было сделано для того чтобы выяснить, вставка это или делеция, и если вставка, то откуда. События 1, 2, 3, 5, 6 я бы назвала делециями в геноме BACSU. А номер 4, по моему, это вставка в BACSU. На рис.3 распределение находок для №4.

Рис.3. Распределение находок к фрагменту генома BACSU.

Почти все находки относятся к разным штаммам BACSU, однако можно заметить, что большое кол-во находок выровнилось только на первых 50000 нуклеотидах фрагмента. Тем временем, есть одна находка Bacteriophage SPBc2, которая занимает почти всю остальную часть вырезанного фрагмента (Ident=99%). Таким образом, можно предположить, что здесь имела место вставка в геном BACSU из генома Bacteriophage SPBc2 (который специализируется на бактериях рода Bacillus).