1. Получение информации о КОГе моего белка
Мой белок - это белок KatX2 (каталаза) из генома бактерии Bacillus pumilus. Идентификатор - YP_001486136.1. Ссылка на страницу про этот белок из первого семестра (часть информации почему-то стерлась). С помощью сервиса CDD я нашла КОГ, к которому относится мой белок. Таблица 1. КОГ белка KatX2_BACPU.
| ID | Name | Category | Interval | E-value |
| COG0753 | Catalase (каталаза) | P - Inorganic ion transport and metabolism (неорганический ионный транспорт и метаболизм) | 1-482 | 0e+00 |
2. Визуализация геномного окружения
С помощью STRING было получено изображение геномного окружения для обнаруженного КОГа. Результат - на рис.1.
Рис.1. Геномное окружение COG0753, полученное программой STRING.
То же самое было сделано программой COGNAT (рис.2). К сожалению, особенности выдачи программы не позволили представить на рис.2. все результаты, поэтому там изображена наиболее репрезентативная часть выдачи. Можно заметить, что КОГи геномного окружения, полученные разными программами, не совпадают.
Рис.2. Геномное окружение COG0753, полученное программой COGNAT.
3. Отнесение белка KatX2 из BACPU к терминам GO
С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST я попыталась найти в БД GO белок, который наиболее похож на мой. Именно моего белка не нашлось. Лучшая находка - catalase BA_1159 из организма Bacillus anthracis str. Ames.
Таблица 2. Лучшая находка в BLAST AmiGO по белку KatX2_BACPU.
| Score | Bits | Identities | Positives | E-value |
| 1815 | 644.0 | 67% | 81% | 3.4e-187 |
Далее были рассмотрены ассоциированные с этим белком термины GO. Результат - в таблице 3.
Таблица 3. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q81TU8.
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| biological process | GO:0006979 | response to oxidative stress | ответ на окислительный стресс | ISS (Inferred from Sequence or structural Similarity) |
| molecular function | GO:0004096 | catalase activity | каталазная активность | ISS |