Для работы была выбрана структура белка бета-лактамазы TRU-1 из организма Aeromonas enteropelogenes с PDB ID 6fm6. Разрешение - 1.05Å. Структура PDB содержит несколько альфа-спиралей и бета-лист. Структура представлена на рисунке 1.
Рисунок 1. Структура белка 6fm6, размеченная по элементам вторичной структуры.
Были проведены предсказания вторичной структуры алгоритмами DSSP и Stride с помощью соответствующих веб-сервисов. Результаты - в файлах, соответственно, dssp.txt и stride.txt. Ниже - таблица с найденными элементами вторичной структуры. На рисунке 1 представлены некоторые вторичные структуры, расшифрованные разными программами.
|  Рисунок 2. Отличия в расшифровке некоторых вторичных структур. Структура, расшифрованная DSSP, желтая; расшифрованная Stride - голубая; расшифрованная обеими программами - зеленая.
|
Как можно заметить, бета-тяжи расшифровываются всеми программами достаточно однозначно, в соответствии с оригинальной разбивкой на вторичные структуры (нашлось только 2 случая разной расшифровки, оба есть на рисунке). Однако спирали часто расшифровываются по разному. Возможно, это связано с тем, что в структуре несколько типов спиралей, альфа и 310 спирали. Также можно заметить, что по разному расшифровываются в основном края спиралей, а конкретно, Stride захватывает в спираль больше остатков, чем DSSP (обратный случай имел место только 1 раз, он есть на рисунке). Это, скорее всего, особенность алгоритмов. Еще было замечено, что алгоритмы несколько раз разбивали одну оригинальную спираль на две, или наоборот, объединяли 2 спирали в одну.