Файлы структурных факторов

Для работы была выбрана структура белка бета-лактамазы TRU-1 из организма Aeromonas enteropelogenes с PDB ID 6fm6. Разрешение - 1.05Å. Для нее был скачан файл со структурными факторами. Вот его шапка.

data_r6fm6sf
# 
_audit.revision_id     1_0 
_audit.creation_date   2018-05-30 
_audit.update_record   "Initial release" 
# 
_cell.entry_id      6fm6 
_cell.length_a      45.885 
_cell.length_b      78.345 
_cell.length_c      48.190 
_cell.angle_alpha   90.000 
_cell.angle_beta    106.628 
_cell.angle_gamma   90.000 
# 
_diffrn_radiation_wavelength.id           1 
_diffrn_radiation_wavelength.wavelength   0.9340 
# 
_entry.id   6fm6 
# 
_exptl_crystal.id   1 
# 
_reflns_scale.group_code   1 
# 
_symmetry.entry_id               6fm6 
_symmetry.space_group_name_H-M   "P 1 21 1" 
_symmetry.Int_Tables_number      4 
# 
loop_
_refln.crystal_id 
_refln.wavelength_id 
_refln.scale_group_code 
_refln.index_h 
_refln.index_k 
_refln.index_l 
_refln.status 
_refln.pdbx_r_free_flag 
_refln.F_meas_au 
_refln.F_meas_sigma_au 
_refln.F_calc_au 
_refln.phase_calc 
_refln.pdbx_FWT 
_refln.pdbx_PHWT 
_refln.pdbx_DELFWT 
_refln.pdbx_DELPHWT 
_refln.fom 
1 1 1 -43 0  6  x 2  ?      ?     26.81   0.00   23.46   0.00   0.00   0.00   0.00 
1 1 1 -43 0  7  x 19 ?      ?     38.01   0.00   33.79   360.00 0.00   0.00   0.00 
1 1 1 -43 0  8  x 17 ?      ?     54.77   180.00 49.34   180.00 0.00   0.00   0.00 
1 1 1 -43 0  9  x 8  ?      ?     77.57   0.00   70.64   360.00 0.00   0.00   0.00 
1 1 1 -43 0  10 x 9  ?      ?     66.57   180.00 61.12   180.00 0.00   0.00   0.00 
1 1 1 -43 0  11 x 11 ?      ?     4.06    0.00   3.75    360.00 0.00   0.00   0.00 
1 1 1 -43 0  12 x 18 ?      ?     48.24   0.00   44.70   0.00   0.00   0.00   0.00 
1 1 1 -43 0  13 x 4  ?      ?     40.23   180.00 37.32   180.00 0.00   0.00   0.00 
1 1 1 -43 0  14 x 11 ?      ?     29.78   180.00 27.58   180.00 0.00   0.00   0.00 
1 1 1 -43 0  15 x 13 ?      ?     4.57    0.00   4.21    0.00   0.00   0.00   0.00

Из файлов извлечены данные о структурных факторах, их статусе, средних значениях структурных факторов F и среднеквадратичных отклонениях F-sigma. Все это в таблице 6fm6-sf.xlsx. Помимо этого в файле содержались значения F и phi структурных факторов, в том числе, пропущенных, рассчитанные по модели, поэтому часть (10086) структурных факторов не содержала экспериментальных значений F и F-sigma. Общее число измеренных экспериментальных факторов - 141594.

Статус структурного фактора может быть 3 типов: х - если нет экспериментальных данных; o - если структурный фактор использован для оптимизации модели; f - если использован для вычисления R-free. Статусом х обладало 10086 факторов, o - 134487, f - 7107. Соответственно, всего структурных факторов 151680, измерено 141594.

Также было измерено количество качественных структурных факторов, то есть с силой сигнала > 3 сигма. Их 133644, то есть 94.39%.

В качестве примеров пропущенных структурных факторов можно привести следующие: