Знакомство с Pymol

Импортировать необходимые модули и открыть pymol

In [1]:
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]

import pymol
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd,stored
import numpy as np

Скачать структуру из pdb, отобразить в виде линий

In [11]:
cmd.do('''
fetch 1cll, async=0
as lines, n. C+O+N+CA
center all
mset 1 x1000
mview store 
clip slab, 50''')

Перечислить все идентификаторы остатков и записать их в список stored.r

In [3]:
stored.r = [] 
cmd.iterate('1cll and n. CA','stored.r.append(resi)')
Out[3]:
152

Каждому остатку в цепи присвоить цвет, изменяющийся по градиенту от синего до красного, отобразить структуру в виде cartoon

In [12]:
length = len(stored.r)
colors = np.linspace(0,1,length)
for k,i in enumerate(stored.r):
    cmd.set_color('col%d' %k, [colors[k],0,1-colors[k]])
    print (1,1,colors[k])
    cmd.set('cartoon_color','col%d' %k ,'resi %s' %i)
cmd.show_as('cartoon','all')

Показать полученную структуру

In [17]:
from IPython.display import display,Image 
import time
cmd.png('prak1_1.png')
time.sleep(2)
display(Image(filename='prak1_1.png'))

Создать фильм на 1000 кадров, в котором камера поочередно наводится на каждый остаток

In [13]:
for i in range(length):
    cmd.frame(1000*(i+1)/length)
    cmd.zoom( 'n. CA and i. %d+%d' % (i,i+7))
    cmd.mview('store')