Гомологи белка CLPX_ECOLI были найдены с использованием локальной версии blastp. В качестве базы данных брались скаченные и помещенные в один файл протеомы выбранных мною в предыдущем практикуме бактерий. Выравнивание строилось в JalView с использованием Muscle. Дерево было получено по алгоритму максимального сходства в программе MEGA.
На изображении выше красным выделены примеры дупликации гена
Синим - паралоги HAEIN
Голубым - паралоги VIBFM
Розовым и зелёным выделены две группы ортологов