Геномное окружение. База данных GO.

Получение информации о КОГе

КОГ

Белок - AMW03818.1
Идентификатор КОГа: COG3794
E-value: 5.39e-19
КОГ обнаруживается с 56 по 166 остаток (всего остатков 166)
Название КОГа(англ.): Plastocyanin
Название КОГа(рус.): Пластоцианин
Категория: [C] Energy production and conversion
Получение и конверсия энергии

COGNAT

С помощью программы COGNAT была произведена попытка найти геномное окружение для КОГа Plastocyanin:

На приведённом изображении слева указаны организмы, их типы и виды, а справа - гены в виде стрелочек (цветом отмечены те, которые встретились больше определённого числа раз), снизу - окно со всеми найденными консервативными КОГами. Я запускал программу со следующими параметрами:

Search for COG - COG3794
Neighborhood Size - 9
Occurrence Threshold (%) - 20
Taxonomy - Нет

То есть для соответствующего КОГа искались по 4 соседних белка слева и справа, подкрашивались те из них, что встречаются более чем в 20% случаев, при этом находки не сортировались по таксономии.
В итоге можно заметить, что геномное окружение рассматриваемого КОГа не обладает какой-либо консервативностью.

База данных GO

Отнесение белка AMW03818.1 из Gemmatimonas phototrophica к терминам GO

Среди находок с лучшим P-value оказался белок petE из Nostoc sp. PCC 7119 (P-value = 1.3e-11). Но у него с моим белком всего 1 ассоциация, поэтому я беру второй по E-value белок: РЕТЕ1. Его хозяин - Arabidopsis thaliana.

Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором P11490 (AT1G76100)

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия	Код типа достоверности
Biological process	GO:0055114	oxidation-reduction process	Окислительно-восстановительный процесс	IEA
Cellular component	GO:0009507	chloroplast	Хлоропласт	ISM, IDA
Cellular component	GO:0009543	chloroplast thylakoid lumen	Полость тилакоида хлоропласта	IDA, IDA
Cellular component	GO:0009535	chloroplast thylakoid membrane	Мембрана тилакоида хлоропласта	IEA
Cellular component	GO:0009579	thylakoid	Тилакоид	IDA, IDA
Cellular component	GO:0031977	thylakoid lumen	Полость тилакоида	IDA
Molecular function	GO:0005507	copper ion binding	Связывание иона меди	IEA, ISS
Molecular function	GO:0009055	electron carrier activity	Перенос электронов	IEA

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достверности	Объяснение
IEA	Inferred from Electronic Annotation	Функция не подтверждена, была автоматически предложена самой программой
ISM	Inferred from Sequence Model	Функция подтверждена исследованием статистической модели
IDA	Inferred from Direct Assay	Функция была подтверждена исследованием напрямую
ISS	Inferred from Sequence or structural Similarity	Функция была подтверждена непосредственным исследованием последовательности вручную

Выводы

В процессе использования базы данных Gene Onthology было выяснено, какие функции может выполнять рассматриваемый белок в организме Gemmatimonas phototrophica После проделанной работы, например, можно утверждать, что AMW03818.1 у Gemmatimonas phototrophica участвует в фототрофных, при этом связывает ионы меди и находится в хлоропластах.