Организм: Vibrio fischeri
Всего найдено 66 записей Uniprot, 17 из которых были аннотированы
Выбранный штамм организма: ATCC 700601 / ES114 (11 аннотированных записей)
Uniprot-мнемоника: VIBF1
| Entry | Entry name | Protein name | Gene name | Upstream coordinates |
| Q5E4R4 | PURT_VIBF1 | Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase | purT VF_1487 | 1645545-1645645 |
| Q5E749 | PUR4_VIBF1 | Phosphoribosylformylglycinamidine synthase | purL VF_0652 | 713068-713168 |
| Q5E2D3 | PURA_VIBF1 | Adenylosuccinate synthetase | purA VF_2318 | 2606476-2606576 |
| Q5E1R3 | PURK_VIBF1 | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase | purK VF_2538 | 2858627-2858727 |
| Q5E763 | GUAA_VIBF1 | GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] | guaA VF_0638 | 695565-695665 |
| Q5E4H9 | PURR_VIBF1 | HTH-type transcriptional repressor PurR | purR VF_1572 | 1760865-1760965 |
| Q5E3H3 | PUR5_VIBF1 | Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase | purM VF_1928 | 2157039-2157139 |
| Q5E1R4 | PURE_VIBF1 | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase | purE VF_2537 | 2858139-2858239 |
| Q5E4Q3 | PUR7_VIBF1 | Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase | purC VF_1498 | 1656507-1656607 |
AC EMBL генома: CP000020
Fasta с upstream-регионами: Finale.fasta
Выполненная команда: ememe -dataset patterns.fasta -outdir results -nmotifs 3 -revcomp Y
MEME html-страница: MEME.html
Все выданные программой результаты: Results
В итоге среди трех предложенных MEME мотивов ни один не удовлетворяет требованию E-value < 0.001, однако E-value первого (0.0015) почти преодолел порог. Все имеют довольно низкие информативность и энтропию,
их сложно назвать консервативными (лучший мотив в этом плане - первый: встретился в 6 из 9), 2 мотива - короткие (8 нукл.) и один - средней длины (16 нукл.), поэтому что-то конкретное про полученные участки ДНК сказать нельзя.