Толщина гидрофобной части | 31.8 ± 2.0 Å |
Координаты трансмембранных спиралей | 1( 14- 37), 2( 145- 167) |
Среднее количество остатков в одной спирали | 22 |
Где находится белок | на внутренней мембране грам-отрицательных бактерий |
Вторичная структура белка Нитрат/нитрит сенсор гистидин киназы NarQ с двумя трансмембранными спиралями
Толщина гидрофобной части | 24.6 ± 1.5 Å |
Координаты трансмембранных листов | 1( 747- 756), 2( 773- 781), 3( 790- 799), 4( 816- 824), 5( 831- 839), 6( 864- 874), 7( 880-890), 8( 914- 924), 9( 934- 944), 10( 967- 976), 11( 982-991), 12(1000-1008) |
Среднее количество остатков в одной бочке | 9 |
Где находится белок | на внешней мембране грам-отрицательных бактерий |
Вторичная структура белка автотранспортера BrkA с трансмембранной бочкой из двенадцати листов
5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 1 14
5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 15 37
5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 38 146
5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 147 169
5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 170 236
Красными столбцами обозначена вероятность того, что данный участок является трансмембранным, розовой линией - что он лежит снаружи от мембраны, синей - внутри цитоплазмы
FT TOPO_DOM 1 13 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 14 34
FT TOPO_DOM 35 146 CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 147 169
FT TOPO_DOM 170 236 NON CYTOPLASMIC.
Серым обозначена вероятность того, что данный участок является трансмембранным, синей линией - что он лежит снаружи от мембраны, зеленой - внутри цитоплазмы, красной - является сигнальным пептидом В итоге можно заметить, что программы отлично справились с предсказанием структуры данного белка, то есть все трансмембранные участки и внешние и внутренние петли угаданы верно.