Трансмембранные белки

База данных OPM

Нитрат/нитрит сенсор гистидин киназа NarQ (5iji)

Толщина гидрофобной части31.8 ± 2.0 Å
Координаты трансмембранных спиралей1( 14- 37), 2( 145- 167)
Среднее количество остатков в одной спирали22
Где находится белок на внутренней мембране грам-отрицательных бактерий

Image

Вторичная структура белка Нитрат/нитрит сенсор гистидин киназы NarQ с двумя трансмембранными спиралями


Автотранспортер BrkA (3qq2)

Толщина гидрофобной части24.6 ± 1.5 Å
Координаты трансмембранных листов1( 747- 756), 2( 773- 781), 3( 790- 799), 4( 816- 824), 5( 831- 839), 6( 864- 874), 7( 880-890), 8( 914- 924), 9( 934- 944), 10( 967- 976), 11( 982-991), 12(1000-1008)
Среднее количество остатков в одной бочке9
Где находится белок на внешней мембране грам-отрицательных бактерий

Image

Вторичная структура белка автотранспортера BrkA с трансмембранной бочкой из двенадцати листов

Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Выдача TMHMM

5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 1 14
5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 15 37
5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 inside 38 146
5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 TMhelix 147 169
5IJI:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE TMHMM2.0 outside 170 236


Image

Красными столбцами обозначена вероятность того, что данный участок является трансмембранным, розовой линией - что он лежит снаружи от мембраны, синей - внутри цитоплазмы

Выдача Phobius

FT TOPO_DOM 1 13 NON CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 14 34
FT TOPO_DOM 35 146 CYTOPLASMIC.
FT TRANSMEM 147 169
FT TOPO_DOM 170 236 NON CYTOPLASMIC.


Image

Серым обозначена вероятность того, что данный участок является трансмембранным, синей линией - что он лежит снаружи от мембраны, зеленой - внутри цитоплазмы, красной - является сигнальным пептидом В итоге можно заметить, что программы отлично справились с предсказанием структуры данного белка, то есть все трансмембранные участки и внешние и внутренние петли угаданы верно.

База данных TCDB

Для нитрат/нитрит сенсор гистидин киназы:
Нашёл только ID для семейства: 9.B.33
9 - Неполностью описанные белки транспортной системы (Incompletely Characterized Transport Systems)
B - Предполагаемые транспортные белки (Putative transport proteins)
33 - Сенсор гистидин киназы (The Sensor Histidine Kinase (SHK) Family)

Для автотранспортера BrkA: ID семейства 1.B.12
1 - Каналы и поры (Channels/Pores)
B - Порины со структурой β-бочки (β-Barrel Porins)
12 - Автотранспортеры-1 (The Autotransporter-1 (AT-1) Family)

© Ириоглов Роман 2017-2018