Трансмембранные белки

База данных OPM

Нитрат/нитрит сенсор гистидин киназа NarQ (5iji)

Толщина гидрофобной части31.8 ± 2.0 Å
Координаты трансмембранных спиралей1( 14- 37), 2( 145- 167)
Среднее количество остатков в одной спирали22
Где находится белок на внутренней мембране грам-отрицательных бактерий

Image

Вторичная структура белка Нитрат/нитрит сенсор гистидин киназы NarQ с двумя трансмембранными спиралями


Автотранспортер BrkA (3qq2)

Толщина гидрофобной части24.6 ± 1.5 Å
Координаты трансмембранных листов1( 747- 756), 2( 773- 781), 3( 790- 799), 4( 816- 824), 5( 831- 839), 6( 864- 874), 7( 880-890), 8( 914- 924), 9( 934- 944), 10( 967- 976), 11( 982-991), 12(1000-1008)
Среднее количество остатков в одной бочке9
Где находится белок на внешней мембране грам-отрицательных бактерий

Image

Вторичная структура белка автотранспортера BrkA с двенадцатью трансмембранными листами

Скобочная формула дерева


Image

Ветви дерева

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:
1){PASMU,HAEIN} против {SALTY,VIBFH,VIBCH,BURCA,NEIMA,AGRRK}
2){PASMU,HAEIN,SALTY} против {VIBFH,VIBCH,BURCA,NEIMA,AGRRK}
3){VIBFH,VIBCH} против {PASMU,HAEIN,SALTY,BURCA,NEIMA,AGRRK}
4){BURCA,NEIMA} против {PASMU,HAEIN,SALTY,VIBFH,VIBCH,AGRRK}
5){PASMU,HAEIN,SALTY,VIBFH,VIBCH} против {BURCA,NEIMA,AGRRK}


© Ириоглов Роман 2017-2018