Текст скрипта



Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-O-C (°)
Альфа сприрали
1 N(396:B)-O(392) 2.78 167.6
2 N(401:A)-O(397) 3.0 167.2
3 N(129:A)-O(125) 2.92 159.6
Бетта листы
4 N(191:B)-O(194:B) 3.36 129.6
5 N(96:B)-O(109:B) 2.89 122.5
6 N(344:B)-O(340:B) 3.66 129.9

Согласно данным, приведенным в таблице, длина водородной связи слабо зависти от от вида вторичной структуры белка и варьируются в пределах 2.81-3.49 Å. Угол же(N-O-C), согласно этой выборке, больше у альфа спиралии: 167.6-159.6°, в то время как для бетта листа: 122.5-129.9°. Несмотря на малое количество рассмотренных связей, общие характеристики водородной связи, скорее всего, слабо отличаются от полученных (имеется в виду водородная связь с участием атома кислорода). Это логически понятно, так как водородная связь в этом случае образована по единому принципу, меняются лишь соседние атомы. Известно, что длины водородных связей строго фиксированы и, как показывают исследования, составляют немного меньше З Å. Расстояние между соседними участками полипептидной цепи в структуре складчатого слоя составляет в среднем 2.72Å, что соответствует длине водородной связи между группами -СО- и -NH-.


на главную

Страница находится в стадии разработки

© Гавриш Глеб 2016