Анализ множественных выравниваний

1а. Вертикальные блоки.

Вертикальные выравнивания обозначены символами "В" в строке разметки "Blocks".

1b. Один блок из части последовательностей.

Блок показывает большее вероятную гомологичность для этих аминокислот трех последовательностей.

На рисунке символом "H" отмечены новые гомологичные позиции.

В предыдущем практикуме я подметил, что последовательность R2SH67_9ENTE выделяется из гомологии. После анализа оставшихся четырех, можно придти к выводу, что предок с этой последовательностью отделился от остальных очень рано.

2a. Статистика для блока.

Число гэпов на участке вне блоков

4. Консенсусная последовательность и LOGO.

Консенсусная последовательность - построенна с помощью ресурса.

С помощью ресурса для одного из блоков было построенно LOGO:

5. Паттерн блока.

Паттерн выбранного блока: P-[VJ]-[SAG]-G-[TE]-[VI]-[VIT]-[EA]-[VI]-N-E-A

6. Выравнивание с заведомо негомологичной последовательностью.

Я взял часть белка своей бактерии, и попытался сделать выравнивание вмете с этой частью. В результате получилось 4 полных и 5 функциональных консервативных колонки.

7. Выравнивание заведомо негомологичных последовательностей.

В результате "выравнивания" получилось только три полностью консервативные колонки, и то далеко друг от друга.

Таким образом выделить блоки нельзя. С консервативными колонками по признаку чуть лучше - 7, однако на 890 это все равно мало.

Ссылка на проект Jalview