Построение парных выравниваний
1. Поиск гомологов
При поиске BLAST нашел 3536 похожих белков. (параметры поиска) Белков похожих по всей длинне (query cover > 80%) - 2272.
| Статус | Лучшая | Средняя | Худшая |
| Sequence ID | WP_017839856.1 | EPY23025.1 | EFR97939.1 |
| Название белка | hypothetical protein | delta24(24(1))-sterol reductase | steroid 5-alpha reductase family protein |
| длина выравнивания | 427 | 493 | 192 |
| bit score % | 869 bits(2245) | 183 bits(464) | 38.9 bits(89) |
| % идентичных остатков | 420/427(98%) | 137/452(30%) | 31/96(32%) |
| % сходных остатков | 423/427(99%) | 223/452(49%) | 47/96(48%) |
| E-value | 0.0 | 3e-49 | 10.0 |
2. Выравнивание гомологов
Я взял 20 случайных последовательностей предложанных BLAST'ом. Однако, при выравнивании выявилась проблема - в выравнивании отсуствуют консервативные колонки, так как в каждом столбце есть хотя бы один гэп. Так что пришлось удалить две последовательности - OAL63353.1 и XP_008596729.1.
В результате нашлись два блока. Начало у белков давольно разнесенно. Окончание же всех белко даволно фиксированно, а учитывая наличие блока на конце, еще и закономерно.
3. Парные выравнивания
Были построенны выравниваия с помощю программ: выравнивание needle и выравнивание water.
Также четыре выравнивания были сопоставленны:
Сверху вниз: needle, water, BLAST, multi.
Выравнивания сопоставлены по последовательности моего белка (YP_004916595.1).
4. Парные выравнивания последовательностей белков
Сверху вниз: needle, water, BLAST, multi.
BLAST и water отличаются от оставшихся. На рисунке видно, что needle и множественное выравнивания показывают на блок, в то время как BLAST и water не совпадают даже с собой.
5. Парные выравнивания последовательностей двух заведомо негомологичных белков
Был взят заведомо негомологичный белок (Id=WP_004242826.1). Последовательности были сравненны программами needle и water:
Несовпадение в выравниваниях можно заметить только в начале локального выравнивания, но это легко списать на то, что на концевых участках локального выравнивания, глобальное выравнивает с "удаленной" последовательностью.
| на главную |
Страница находится в стадии разработки © Гавриш Глеб 2016 |