Внутренности белков и макромолекулярных комплексов

Первый скрипт:

1) гидрофобное ядро(желтое) на фоне остого белка(серого)

2) выход гидрофобного ядра на поверхность белка (белок серый, ядро желтое)

Второй скрипт:

1) радикал одного из фенилаланинов гидрофобного ядра (зеленый)

2-8) слои атомов от 0 до 7Å от радикала фенилаланина, тем самым можно проследить плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре.

P.S. скрипт отказывается нормально работать в браузере, хотя в самом Jmol'е все отлично. Не знаю что делать.

Третий скрипт:

Показанно взаимодействие белка (ID=4RB3) Magnetospirillum gryphiswaldense c ДНК.

1) ДНК и белок в виде картонок(cartoon), раскрашенных по вторичной структуре.

2) ДНК в шарико-стержневой модели, белок в виде остова, боковая цепь взаимодействующая с ДНк в виде уменьшенной шарико-стержневой молдели(маленькие радиусы).

Общее о гидрофобном ядре

Всего атомов в белке - 6490. При этом в гидрофобном ядре - 1783, что состовляет 27,4% - больше четверти от всех атомов.

Выход гидрофобных ядер

Большие участки гидрофобных поверхностей могут служить местом прикрепления к липидной мембране или к гидрофобным поверхностям других белков.

Плотность гидрофобного ядра

Наибольший скачок наблюдается в радиусе 3-4Å от радикала выбранного фенилаланина. Так что будем считать, что среднее растояние между атомами ~3.8Å. Ван-дер-ваальсов радиус кислорода 1,4Å.

Наиболее частый атом в гидрофобных радикалах, угерод, имеет радиус 1.85Å. Таким образом получаем, что вода начинает помещаться только при растоянии между атамоми в 5,1Å, что больше чем 3.8Å.

ДНК и белки

Белки могут выполнять много функций в сочетании с ДНК: модифицировать нуклеотиды, упаковывать ДНК, сшивать участки ДНК при репликации, раскручивать ДНК и т.д.

По ферментам: праймаза, хеликаза, лигаза, метилаза, полимераза киназа. Так же стоит упомянуть SSB белки, мешающие обратному сплетениб нитей после работы хеликазы.