Uniprot и Refseq Protein Назад
Таблица 1. Основная информация о белке с идентификатором YP_004916595.1
| Uniprot ID |
Uniprot AC |
Refseq ID |
PDB ID |
Длина |
Молекулярная масса |
Рекомендуемое Unirpot название |
| G4SW86_META2 |
G4SW86 |
WP_014147797 |
4QUV_A |
427 а.о. |
49418 Да |
Delta(14)-sterol reductase |
Известна структура всего белка. Белок содержит две цепи: А и B. Ген, кодирующий белок, называется erg (локус называется MEALZ_1312).
Белок встраивается в клеточную мембрану (имеет трансмембранные домены).
Таблица 2. Описание кластеров Uniref для дельта(14)-стерол редуктазы
| Кластер |
Uniref50 |
Uniref90 |
Uniref100 |
| Cluster ID |
UniRef50_G4SW86 |
UniRef90_G4SW86 |
UniRef100_G4SW86 |
| Число белков в кластере |
3 |
2 |
1 |
| Идентичность последовательностей |
50% |
90% |
100% |
| Организмы |
Methylomicrobium alcaliphilum (strain DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z)
Methylomicrobium buryatense
Myxococcales bacterium SG8_38 |
Methylomicrobium alcaliphilum (strain DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z)
Methylomicrobium buryatense |
Methylomicrobium alcaliphilum (strain DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z) |
Таблица 3. Результаты сеансов поиска в Uniprot
| Поиск |
Запрос |
Нашлось белков всего |
Из них в разделе Reviewed |
| Поиск по рекомендованному названию своего белка |
name:delta 14 sterol reductase |
333 |
17 |
| |
name:sterol reductase |
1,207 |
33 |
| Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же семейства |
name:delta 14 sterol reductase taxonomy:"Methylococcaceae [403]" |
1 |
0 |
| Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же отдела |
name:delta 14 sterol reductase taxonomy:"Proteobacteria [1224]" |
3 |
0 |
| Поиск по запросу "гемоглобин" |
name:hemoglobin |
8,415 |
944 |
| Поиск по запросу "гемоглобин" в таксоне инфузории |
name:hemoglobin taxonomy:"Ciliophora [5878]" |
10 |
3 |
| Поиск по названию "гемоглобин" в таксоне позвоночные |
name:hemoglobin taxonomy:"Vertebrata [7742]" |
2,463 |
821 |
| Поиск по названию "трипсин" |
name:trypsin |
11,134 |
301 |
| Поиск позволяющий определить, сколько среди находок предыдущего поиска белков, анонсированных как ингибиторы трипсина |
name:trypsin NOT name:"trypsin inhibitor" |
8,474 |
110 |
Дополнительное задание 1. При поиске в RefSeq был найден только один белок. В этой базе данных намного меньше информации о белке, чем в Uniprot - здесь представлена только основная информация, такая как название белка, последовательность, информация об организме, длина последовательности и так далее, но нет даже молекулярной массы.
|
| на главную |
Страница находится в стадии разработки © Гавриш Глеб 2016 |
|