Предсказание генов эукариот

Описание скеффолда

Мне достался скеффолд Латимерии - лопастеперой рыбы, обитающей в заподных водах Индийского океана. [1]

Phylum	Chordata
Class	Sarcopterygii
Order	Coelacanthiformes
Family	Latimeriidae
Latimeria chalumnae

Показан ген FAIM: фиолетовое - мРНК, красное - белок. Толстой линией обозначены экзоны.

Предсказание генов и белок-кодирующих областей

Для параметров модели был выбран организм Danio rerio (Рыба-зебра), так как тоже является костной рыбой.

Файл	Описание
augustus.gtf	Предсказание генов в формате gtf
augustus.gff	Предсказание генов в формате gff
augustus.aa	Предсказание белков в формате fasta
augustus.codingseq	Предсказание CDS в формате fasta
augustus.cdsexons	Предсказание экзонов в формате fasta
augustus.mrna	Предсказание мРНК (с UTR) в формате fasta
augustus.gbrowse	Координаты предсказанных фрагментов для геномного браузера

После этого с помощью переделанного скрипта (был для работы с прокариотами) main_program_eu.py, а так же проб-подготовки в виде скрипта from_gff_to_table.py бы получен результат в виде таблицы, а так же в виде html таблицы:

Количество полностью совпавших генов	0 ( 0.0% )
Количество совпадений по N концу	0 ( 0.0% )
Количество совпадений по C концу	0 ( 0.0% )
Количество полностью несовпавших генов	23 ( 100.0% )
Количество совпадений по одному из концов, при условии не совпадения направлений	0 ( 0.0% )
Общее количество генов	23 ( 100% )

Таблица составленна автоматически.

Так как не найдено ни одного совпавшего гена, то нет и рассматриваемого мной гена.

на главную