Деревья

Из списка я выбрал следующие организмы:

По изображению дерева я составил следущую формулу:

((CLOBA,FINM2),(LACAC,((BACAN,GEOKA),(STAAR,STAES))));

По этой формуле в программе MEGA получилось изображение:

Из этого я делаю вывод, что дерево имеет следующие нетривиальные ветви:

1){STAAR,STAES} vs {BACAN,CLOBA,FINM2,GEOKA,LACAC} 
2){BACAN,GEOKA} vs {CLOBA,FINM2,LACAC,STAAR,STAES}
3){CLOBA,FINM2} vs {BACAN,GEOKA,LACAC,STAAR,STAES}
4){BACAN,GEOKA,STAAR,STAES} vs {CLOBA,FINM2,LACAC}

Из нетревиальных ветвей я могу выделить следующие, показывающие разделение на таксоны:

1)Staphylococcus (genus)

2)Bacillaceae (family)

4)Bacillales (order)

Рассматривать я решил белок RF1 - фактор высвобождения пептидной цепи 1.

Я сформировал следующий запрос в jalveiw (очень удобно!):

RF1_BACAN;RF1_CLOBA;RF1_FINM2;RF1_GEOKA;RF1_LACAC;RF1_STAAR;RF1_STAES

Для использования этого запроса использовалось следующее окно:

Fetch Sequences... → Uniprot → окно сверху

С помощью алгоритма Muscle я посторил следующее выравнивание (в названиях оставил только мнемонику вида).

Используя метод Neighbor "Joining Using % Identity" было построено дерево:

Ссылки: дерево (Newick), проект jalveiw (с выравниванием и деревом)