Укоренение и бутстрэп

Укоренение в среднюю точку

Для укоренения дерева, построенног алгоритмом Neighbor-Joining, в среднюю точку, я исползовал программу retree.exe

Рис.1 Дерево из предыдущего практикума (Neighbor-Joining)

Рис.2 Дерево после укоренения

Рис.3 Реальное дерево

Полученно дерево (рис. 2) не отличается от реального (рис. 3) ничем - сохранены все нетривиальные ветви, а так же совпадает точка укоренения.

Использование внешней группы

Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить в среднюю точку, так как этот метод не реконструирует расстояния. Однако можно воспользоваться укоренением с помощью внешней группы.

Для этого я добавил новую последовательность - E. coli (мнемоника - ECOLI). Было сделанно выравнивание (Muscle) и построенно дерево (Maximum parsimony). Т.к. мы выбрали ECOLI в качестве внешней группы, то значит, что ветвь отделяющая ее от всех является корнем.

Рис.4 Дерево с внешней группой

Рис.5 Укорененное дерево (поддерево предыдущего, с удаленой ветвью E. coli)

Укоренение произошло в ветвь LACAC, что отличается от правильного дерева. Скорее всего E. coli в данном случае не подходит для внешней группы.

Бутстрэп

Я провел бутстрэп-анализ филогении своих белков, используя один из методов, доступных из программы MEGA. Число реплик - 100.

Рис.6 original_tree

Рис.7 Bootstrap consensus tree

Данные деревья (рис 6 и 7) не отличаются, т.к. деревья, как и оригинальное, имеют следующую топологию.

1){STAAR,STAES} vs {BACAN,CLOBA,FINM2,GEOKA,LACAC} 
2){BACAN,GEOKA} vs {CLOBA,FINM2,LACAC,STAAR,STAES}
3){CLOBA,FINM2} vs {BACAN,GEOKA,LACAC,STAAR,STAES}
4){BACAN,GEOKA,STAAR,STAES} vs {CLOBA,FINM2,LACAC}

Бутстреп поддержка, кроме значения 51, мне кажется очень приемлимой.