Мембранные белки

База данных OPM

Мой ID - 4qo2_A. База - OPM

Таблица 1. Характеристика белка 4qo2

Толщина гидрофобной части мембраны	Координаты трансмембранных спиралей	В какой мембране находится белок
28.6 ± 1.2 Å	A - Tilt: 18° - Segments: 1( 95- 114), 2( 148- 163), 3( 171- 192), 4( 201- 214), 5( 227- 242), 6( 251- 269)	Внутренняя мембрана грамотрицательных бактерий

Далее я нашел белок в составе трансмембранных доменов, у которого, в отличии от моего белка, на α-спирали, а β-листы (β-бочка).

Таблица 1. Характеристика белка 3qra (Yersinia pestis)

Толщина гидрофобной части мембраны	Координаты трансмембранных спиралей	В какой мембране находится белок
25.2 ± 1.4 Å	A - Tilt: 14° - Segments: 1( 29- 37), 2( 54- 62), 3( 69- 75), 4( 98- 106), 5( 113- 119), 6( 141- 150), 7( 157- 162), 8( 173- 180)	Наружная мембрана грамотрицательных бактерий

Анализ предсказания трансмембранных спиралей

По неизвестной мне причине нумерация аминокислот в моем белке начинается с 90 (это я обнаружил в Jmol'е), так что для удобства сравнения, я пересчитал номера от единицы:

Segments:1(6- 25), 2(54- 69), 3(77- 98), 4(107- 120), 5(133- 148), 6(157- 175)

Prediction of 4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE

ID   4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
FT   TOPO_DOM      1     11       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM     12     29       
FT   TOPO_DOM     30     48       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM     49     74       
FT   TOPO_DOM     75     85       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM     86    102       
FT   TOPO_DOM    103    107       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    108    126       
FT   TOPO_DOM    127    137       CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    138    156       
FT   TOPO_DOM    157    161       NON CYTOPLASMIC.
FT   TRANSMEM    162    181       
FT   TOPO_DOM    182    200       CYTOPLASMIC.

рис. График от phobius

Хоть значения и не совпадают по краям, однако их количество и общее чередование (внутрь/наружу) сохраняется. Так что можно сказать, что суть алгоритм передал. По карйней мере в сильное заблуждение он не ввел.

Далее я проверил второй:

# 4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Length: 200
# 4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Number of predicted TMHs:  6
# 4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number of AAs in TMHs: 126.38433
# 4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Exp number, first 60 AAs:  30.59318
# 4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE Total prob of N-in:        0.99930
# 4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE POSSIBLE N-term signal sequence
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	     1     6
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	     7    29
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	    30    48
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	    49    71
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	    72    82
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	    83   102
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	   103   105
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   106   128
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	   129   136
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   137   159
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	outside	   160   163
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	TMhelix	   164   186
4QO2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE	TMHMM2.0	inside	   187   200

рис. График от TMHMM

Этот тоже ушел не далеко от правды.

База данных TCBD

В этом задании было необходимо найти белки в БД TCBD. Это БД классификации транспортеров со структурами. Белка 4qo2 в ней нет, а вот 3qra есть.

В этой БД существует циферно/буквенная функциональная классификация белков. Для белка 3qra TCID - 1.B.6.2.2. 1.B.6 - семейство OmpA-OmpF поринов (OOP). Большинство белков 1.B.1 - 1.B.186 принадлежат суперсемейству формирующих поры в наружной мембране белков. В Таблице 4 указана дополнительная информация, присутствующая в БД TCBD.

Таблица 4. Характеристика белка 2fgq в БД TCBD

Номер	Q0WCZ9
Длина	182
Молекулярный вес	20242.00
Вид	Yersinia pestis
Число TMSs	1
Локализация	Клеточная мембрана

на главную