1.Восстановление "экспериментальной" электронной плотности

Структура 5TYB

Для анализа я выбрал белок Полимеразу-мю (Pol μ), а именно структуру 5TYB. Структура имеет разрешение в 1.85 Å.

Рисунок 1. Изображение эелктронной плотности вокруг остова пептидной цепи структуры 5TYB на уровне 0.5 sigma.

Рисунок 2. Тоже, но на уровне 1 sigma.

Рисунок 3. Тоже, но на уровне 2 sigma.

Анализ остатков

Проанализируем электронную плотность вокруг некоторых остаков. Анализ "спорных" остатков есть в отчете по валидации, так что остановимся на "обычных".

На следующих изображениях (рис 4-12) приведенна визуализация электронной плотности вокруг 3 остатков на 3 разных уровнях подрезки.

Рисунок 4. Изображение эелктронной плотности вокруг остатка Ley149 на уровне 1 sigma.

Рисунок 5. Изображение эелктронной плотности вокруг остатка Ley149 на уровне 2 sigma.

Рисунок 6. Изображение эелктронной плотности вокруг остатка Ley149 на уровне 2.5 sigma.

Рисунок 7. Изображение эелктронной плотности вокруг остатка Phe205 на уровне 1 sigma.

Рисунок 8. Изображение эелктронной плотности вокруг остатка Phe205 на уровне 2 sigma.

Рисунок 9. Изображение эелктронной плотности вокруг остатка Phe205 на уровне 2.5 sigma.

Рисунок 10. Изображение эелктронной плотности вокруг остатка Arg233 на уровне 1 sigma.

Рисунок 11. Изображение эелктронной плотности вокруг остатка Arg233 на уровне 2 sigma.

Рисунок 12. Изображение эелктронной плотности вокруг остатка на уровне 2.5 sigma.

В целом я бы сказал что остатки очень хорошо вписываются в электронную плотнось. Из интересного можно выделить заметное "сгущение" электронной плотности вокруг ароматического кольца фенилаланина, что отлично видно при подрезке на уровне 2.5 sigma (рис.9).