6.Вторичная структура

Для работы я также выбрал "свою" структуру 5TYB, о которой писал уже не раз.

Я проанализировал вторичную структуру программой DDSP, доступной на kodomo (на сервере она называется mkdssp). Результат можно скачать тут.

После этого можно сравинить границы структур, для удобства представлю результат в табице:

Таблица 1. Сравнение границ вторичных структур из файла PDB (ID: 5TYB) и из выдачи программы DSSP. Жирным отмеченны отличающиеся значения (для границ программы DSSP).

Структура	Границы в PDB	Границы в DSSP
helix 1	Asn153-Glu170	Thr154-Phe169
helix 2	Gly206-Gly220	Glu207-His219
sheet 1	Thr314-Leu317; Val331-Thr336; Ser411-Val421; Arg387-Gln396; Ile360-Tyr362	Thr314-Leu317; Val331-Thr336; Ser411-Val421; Arg387-Gln396; Ile360-Tyr362
sheet 2	Trp455-Asn457; Gly460-Asp463; Thr468-Phe469	Trp455-Asn457; Gly460-Asp463; Thr468-Phe469

Если посмотреть на отличия по границам, то видно, что отличаются только альфа-спирали. Однако отличие в границе не существенно - DSSP считает границы меньше стабильно на 1 а.к. с каждого конца, что я бы не считал существенным отличием, т.к. глобально вторичная структура не сильно отличается.

на главную