Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

На главную страницу второго семестра

• Матрицы переходов
  • Глобальное выравнивание
    Последовательности, для которых строилась матрица переходов: ALVP и AKPHP.
    Параметры для построения матрицы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2.
    
    – выравнивание, соответствующие оптимальному пути
    

    A L - V P A K P H P

    
    Вес оптимального пути: 0.
    
  • Локальное выравнивание Последовательности, для которых строилась матрица переходов: LVIEQ и ALVPMVIEQ.
    Параметры для построения матрицы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2.
    
    – выравнивания, соответствующие двум оптимальным путям
    

    1 VIEQ VIEQ

    2 LV LV

    
    Вес оптимального и субоптимального путей, соответственно: 8 и 4.
    
• Влияние параметров на глобальное выравнивание
  Выравнивания выглядят внешне одинаково, но отличаются весами. Самая большая разница между весами выравниваний с штрафом за открытие делеции 10 и 1. Они равны 80 и 89 соответственно. Разница между весами равно 9, так как во вырфвнивании всго одна длинная дилеция, а 9 – это и есть разница штрафов за открытие делеции. В данных выравниваниях нет разницы, но она могла бы быть, если бы первое выравнивание содержало бы несколько делеций, то во втором их должно бы было быть меньше. Это отличие иллюстрируется 4 заданием контрольной работы.

  Выравнивание. CLPP_ECOLI 1 MSYSGERDNFAPHMALVPMVIEQTSRGERSFDIYSRLLKERVIFLTGQVE 50 ||||||||||| |||||| thirdprot 1 VPMVIEQTSRG-----------------LTGQVE 17 CLPP_ECOLI 51 DHMANLIVAQMLFLEAENPEKDIYLYINSPGGVITAGMSIYDTMQFIKPD 100 |||| thirdprot 18 DHMA 21 CLPP_ECOLI 101 VSTICMGQAASMGAFLLTAGAKGKRFCLPNSRVMIHQPLGGYQGQATDIE 150 thirdprot 22 21 CLPP_ECOLI 151 IHAREILKVKGRMNELMALHTGQSLEQIERDTERDRFLSAPEAVEYGLVD 200 thirdprot 22 21 CLPP_ECOLI 201 LTHRN 205 thirdprot 22 21

  
  

© Бабаян Тигран, 2005