Классификация функций. Ферменты.

Расшифровка каждого пункта кода фермента (EC 1.3.3.3).

1. Oxidoreductases(оксиредуктаза)
1.3. Acting on the CH-CH group of donors (использование группы CH-CH как донора)
1.3.3. With oxygen as acceptor (акцептор кислород)
1.3.3.3 Сoproporphyrinogen oxidase

Использование средства специализированного ресурса Brenda для характеристики фермента EC 1.3.3.3 .

Cхема ферментативной реакции

Общее число ферментов с таким кодом: 143

Oптимум рН:       8

Ингибиторы: 
  1,10-Phenanthroline
  Tetranitromethane
  Sodium deoxycholate
  Sodium cholate
  SDS
  S-Adenosylhomocysteine
  S-Adenosylethionine
  Riboflavin
  Protoporphyrin-IX
  Phenylglyoxal
  Pentacarboxylate porphyrin III
  p-hydroxyphenylglyoxal
  p-Hydroxymercuribenzoate
  p-Chloromercuribenzoate
  p-Chloromercuribenzene sulfonate
  NaCl
  N-Ethylmaleimide
  N-Bromosuccinimide
  N-Acetylimidazole
  Mn2+
  L-Ethionine
  KCl
  Iodoacetate
  Hg2+
  Harderoporphyrin
  GSSG
  GSH
  FMN
  Fe2+
  FAD
  EGTA
  Diethyl dicarbonate
  Cu2+
  coproporphyrinogen IV
  Coproporphyrinogen III
  coproporphyrinogen II
  Coproporphyrinogen I
  Co2+
  Cetyltrimethylammonium chloride
  Ag+
  5,5-Dithiobis(2-nitrobenzoic acid)
  2,4-Dinitrophenol
  2,4,6-Trinitrobenzene
  2,2-bipyridyl
  1,4-Naphthoquinone

Активаторы:
  Tween 85
  Tween 80
  Tween 60
  Tween 40
  Tween 20
  Triton X-100
  S-Adenosyl-L-methionine
  Pyruvate
  Phospholipids
  phosphatidyl glycerol
  phosphatidate
  Non-ionic detergents
  NADH
  Lipids
  Lecithin
  L-Methionine
  L-alpha-Phosphatidylethanolamine
  L-alpha-phosphatidylcholine
  L-alpha-phosphatidyl-L-serine
  L-alpha-phosphatidyl-DL-glycerol
  L-alpha-lysophosphatidylethanolamine
  L-alpha-lysophosphatidylcholine
  DTT
  Cardiolipin
  2-Mercaptoethanol

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов .

Был проведён поиск ферментов из 3-х организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека с индификатором EC 1.3.3.3 с помощью SRS в SWISS-Prot. Но для археи Methanococcus jannaschii такого фермента не нашлось. Были найдены следуюшие ферменты: HEM6_HUMAN (AC P36551) и HEM6_ECOLI (AC P36553). В составе каждого из них есть домен PF01218 . Координаты в ферменте HEM6_HUMAN - 145-453, а в HEM6_ECOLI - 1-299.
При помоши этого скрипта скачиваются последовательности и отправляются на выравнивание:

extractseq sw:p36553 -regions 1-299 e.fasta
extractseq sw:p36551 -regions 145-453 h.fasta
needle e.fasta h.fasta ef.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5

В результате мы получаем следующее выравнивание (Identity: 146/314 (46.5%)):

HEM6_ECOLI         1 ---MKPDAHQVKQFLLNLQDTICQQLTAVD-GAEFVEDSWQREAGGGGRS     46
                        ||.   :::..:|..|..:||.|..|| ||.|..|.|:|:.||||.|
HEM6_HUMAN         1 PGDMKT---KMELLILETQAQVCQALAQVDGGANFSVDRWERKEGGGGIS     47

HEM6_ECOLI        47 RVLRNGGVFEQAGVNFSHVHGEAMPASATAHRPELAGR---------SFE     87
                     .||::|.|||:|||:.|.|||.....:|...|..  |:         .|.
HEM6_HUMAN        48 CVLQDGCVFEKAGVSISVVHGNLSEEAAKQMRSR--GKVLKTKDGKLPFC     95

HEM6_ECOLI        88 AMGVSLVVHPHNPYVPTSHANVRFFIAEKPGADPVWWFGGGFDLTPFYGF    137
                     |||||.|:||.||:.||.|.|.|:|..|:...:..||||||.||||.|..
HEM6_HUMAN        96 AMGVSSVIHPKNPHAPTIHFNYRYFEVEEADGNKQWWFGGGCDLTPTYLN    145

HEM6_ECOLI       138 EEDAIHWHRTARDLCLPFGEDVYPRYKKWCDEYFYLKHRNEQRGIGGLFF    187
                     :|||:|:|||.::.|...|.|:||::|||||:||::.||.|:|||||:||
HEM6_HUMAN       146 QEDAVHFHRTLKEACDQHGPDLYPKFKKWCDDYFFIAHRGERRGIGGIFF    195

HEM6_ECOLI       188 DDLNTPDFDRCFAFMQAVGKGYTDAYLPIVERRKAMAYGERERNFQLYRR    237
                     |||::|..:..|.|:|:..:....:|:|:|::....::..:|:.:|..||
HEM6_HUMAN       196 DDLDSPSKEEVFRFVQSCARAVVPSYIPLVKKHCDDSFTPQEKLWQQLRR    245

HEM6_ECOLI       238 GRYVEFNLVWDRGTLFGLQT-GGRTESILMSMPPLVRWEYDYQPKDGSPE    286
                     ||||||||::||||.|||.| |.|.||||||:|...||||.:.|.:.|.|
HEM6_HUMAN       246 GRYVEFNLLYDRGTKFGLFTPGSRIESILMSLPLTARWEYMHSPSENSKE    295

HEM6_ECOLI       287 AALSEFIK-VRDWV    299
                     |.:.|.:: .||||
HEM6_HUMAN       296 AEILEVLRHPRDWV    309

Из этих данных нетрудно понять, что доменные структуры этх аминокислотных последовательностей весьма далеки друг от друга, но это не противоречат тому, что они оба ЕС 1.3.3.3 . Так как в этой классификации учитывается только механизм работы фермента. Эти данные хорошо иллюстрируют следующую идею: белки из различных организмов выполняющие одинаковою функцию могут сильно различаться по аминокислотной последовательности, то есть имея только аминокислотную последовательность белка, мы мало, что можем сказать об его функции.