Консервативные аминокислотные остатки в выборке 10 потенциальных ортологов CLPP_ECO (P0A6G7)

На главную страницу второго семестра.

Матриа попарного сходства (% совпадения) последовательностей выборки:

Множественное выравнивание:
T L V C A Q L L F L E A E N P K K E   :     6 7
C L P P 2 _ A G R T   :   - - - - - - - - - - - - - - M K N P V D T A M A L V P M V V E Q T N R G E R S Y D I F S R L L K E R I I F L T G P V E D Q M A S L V C A Q L L F L E A E N P K K E   :     6 7
C L P P _ B R U A B   :   - - - - - - - - - - - - - - M R D P I E T V M N L V P M V V E Q T N R G E R A Y D I F S R L L K E R I I F V N G P V E D G M S M L V C A Q L L F L E A E N P K K E   :     6 7
C L P P _ W O L P M   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M T L I P I V V E Q T S R G E R A Y D I Y S R L V K E R I I F V T G P I E D N M A S V I V A Q L L F L E S E N P N K D   :     5 9
C L P P 1 _ P S E A   :   - - - - - - M S R N S F I P H V P D I Q A A G G L V P M V V E Q S A R G E R A Y D I Y S R L L K E R I I F L V G Q V E D Y M A N L V V A Q L L F L E A E N P E K D   :     7 5
C L P P _ R A L S O   :   M I R N E L I D Q L A R T Q A S A L E T Q G L G L V P M V V E Q S G R G E R A Y D I Y S R L L K E R V I F M V G E V N D Q T A N L V V A Q L L F L E S E N P D K D   :     8 1
C L P P _ C L O P E   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M S N L V P M V V E Q T S K G E R S Y D I F S R L L K D R I I M L S G E V N D V T A N L V V A Q L L F L E S E D P D K D   :     6 0
C L P P _ N E I M A   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - M S F D N Y L V P T V I E Q S G R G E R A F D I Y S R L L K E R I V F L V G P V T D E S A N L V V A Q L L F L E S E N P D K D   :     6 3
C L P P _ E C O L I   :   - - - - - - - - - M S Y S G E R D N F A P H M A L V P M V I E Q T S R G E R S F D I Y S R L L K E R V I F L T G Q V E D H M A N L I V A Q M L F L E A E N P E K D   :     7 2
C L P P _ B U C A I   :   - - - - - - - - M L Y D Q I K N N K T S S Y A T F I P M V V E Q H S R G E R S Y D I Y S R L L K E R I I F I T G A I E D N M A N N I V A Q I L F L E A E N P E K D   :     7 3
                                                                          l 6 P   V 6 E Q     4 G E R   5 D I 5 S R L 6 K e R 6 6 f 6   G   6   D     a     6   A Q 6 L F L E   E 1 P   K              
                                                                                                                                                                                                       
                                          *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                
C L P P 2 _ R H I M   :   V A L Y I N S P G G V V T A G M A I Y D T M Q F I K P A V S T L C I G Q A A S M G S L L L A A G H K D M R F A T P N S R I M V H Q P S G - - G F Q G Q A S D I E R   :   1 4 6
C L P P 2 _ A G R T   :   I A L Y I N S P G G V V T A G M A I Y D T M Q F I R P A V S T L C V G Q A A S M G S L L L A A G E K G M R F A T P N A R I M V H Q P S G - - G F Q G Q A S D I E R   :   1 4 6
C L P P _ B R U A B   :   I N M Y I N S P G G V V T S G M A I Y D T M Q F I R P P V S T L C M G Q A A S M G S L L L T A G A T G H R Y A L P N A R I M V H Q P S G - - G F Q G Q A S D I E R   :   1 4 6
C L P P _ W O L P M   :   I C M Y I N S P G G V V T A G L S I Y D T M Q Y I N P D V S T L C I G Q A A S M G S L L L A A G T K G K R Y S L P H S R I M I H Q P S G - - G Y H G Q A T D I E I   :   1 3 8
C L P P 1 _ P S E A   :   I H L Y I N S P G G S V T A G M S I Y D T M Q F I K P N V S T T C I G Q A C S M G A L L L A G G A A G K R Y C L P H S R M M I H Q P L G - - G F Q G Q A S D I E I   :   1 5 4
C L P P _ R A L S O   :   I S L Y I N S P G G S V S A G L A M Y D T M Q F V K P D V S T L C M G M A A S M G A F L L A A G A K G K R Y A L P N S R I M I H Q P L G - - G A R G Q A S D I E I   :   1 6 0
C L P P _ C L O P E   :   I H L Y I N S P G G S I T S G M A I Y D T M Q Y I K P D V S T I C I G M A A S M G A F L L S S G A K G K R F A L P N A E I M I H Q P L G - - G F Q G Q A T D I D I   :   1 3 9
C L P P _ N E I M A   :   I F F Y I N S P G G S V T A G M S I Y D T M N F I K P D V S T L C L G Q A A S M G A F L L S A G E K G K R F A L P N S R I M I H Q P L I S G G L G G Q A S D I E I   :   1 4 4
C L P P _ E C O L I   :   I Y L Y I N S P G G V I T A G M S I Y D T M Q F I K P D V S T I C M G Q A A S M G A F L L T A G A K G K R F C L P N S R V M I H Q P L G - - G Y Q G Q A T D I E I   :   1 5 1
C L P P _ B U C A I   :   I F L Y I N S P G G I I T S G M S I Y D T M Q F V K P E I S T I C L G Q A C S M A A L L L T S G A K G K R F C L P N S K V M I H Q P L G - - G Y Q G Q A S D I A I   :   1 5 2
                          6     Y I N S P G G   6 3   G 6   6 Y D T M q 5 6   P   6 S T   C 6 G q A a S M g     L L     G   k g   R 5   l P n     6 M 6 H Q P   g     G     G Q A 3 D I e              
                                                                                                                                                                                 
                                        *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                   *                
C L P P 2 _ R H I M   :   H A R D I L K M K R R L N E V Y V K H C G R T Y E E V E Q T L D R D H F M S A D E A L D W G L I D K V I T S R D A V E G M E - - - - - - - -   :   2 0 8
C L P P 2 _ A G R T   :   H A R D I I K M K R R L N E V Y V K H T G R T L E E V E K T L D R D H F M D A D E A K D W G V I D K I L T S R Q E M E G A V A N - - - - - -   :   2 1 0
C L P P _ B R U A B   :   H A Q D I I K M K R R L N E I Y V K H T G R D Y D T I E R T L D R D H F M T A Q E A L E F G L I D K V V E A R D V S A D E S K - - - - - - -   :   2 0 9
C L P P _ W O L P M   :   H A N E I L R V K K K L N Q I Y E K H T G N S L K K I E G M M E R D K F M D P E E A R K I G L I D R V I A E R T D I E I E N I K V K Q K V G   :   2 0 8
C L P P 1 _ P S E A   :   H A K E I L F I K E R L N Q I L A H H T G Q P L D V I A R D T D R D R F M S G D E A V K Y G L I D K V M T Q R D L A V - - - - - - - - - - -   :   2 1 3
C L P P _ R A L S O   :   Q A R E I L Y L R E R L N T I L S E V T G Q P V D K I A R D T D R D N F M S G D Q A K E Y G L I D K V L A R R G A - - - - - - - - - - - - -   :   2 1 7
C L P P _ C L O P E   :   H A K R I L K I K D K L N Q I L S E N T N Q P L E K I K V D V E R D Y F M E A S E A V E Y G L I D K V I E R K - - - - - - - - - - - - - - -   :   1 9 4
C L P P _ N E I M A   :   H A R E L L K I K E K L N R L M A K H C G R D L A D L E R D T D R D N F M S A E E A K E Y G L I D Q V L E N R A S L Q L - - - - - - - - - -   :   2 0 4
C L P P _ E C O L I   :   H A R E I L K V K G R M N E L M A L H T G Q S L E Q I E R D T E R D R F L S A P E A V E Y G L V D S I L T H R N - - - - - - - - - - - - - -   :   2 0 7
C L P P _ B U C A I   :   H A R E I M E M K K K L N K L M S F H T G Q S I K K I N K D T E R D C F L S A N Q S I K Y G L I D F I L S Q R Q - - - - - - - - - - - - - -   :   2 0 8
                          h A     6 6   6 4   4 6 N   6       h t g           6           R D   F 6       2 a       G 6 6 D   6 6     4                                          

РИСУНОК 1

РИСУНОК 2

УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ:


 — МОЛЕКУЛА 1;
 — МОЛЕКУЛА 2;
 — КОНСЕРВАТИВНЫЕ АМИНОКИСЛОТНЫЕ
ОСТАТКИ, НАХОДЯШИЕСЯ В ЗОНЕ КОНТАКТА;

ШАРИКМИ ОБАЗНАЧЕНЫ АМИНОКИСЛОТНЫЕ
ОСТАТКИ В ЗОНЕ КОНТАКТА.		 
    В данном белке нужно описать

участок контакта между двумя 

мономерами белка. Как видно из 

РИСУНКА 2, две альфа-спирали из 

одной молекулы вставлены в "ложе" 

из бета-листов другой молекулы, 

дополнительно ещё две альфа-спирали 

1 молекулы зажимают этот "бутерброд" 

с двух сторон.
 
    Участок контакта весьма 
 
консервативен: на расстоянии 5 

ангстрем от молекулы 2 находится 

44 остатка,принадлежащих первой 

молекуле. Из них 34 консервативны.

Но, наверное, было бы более 

целесообразно смотреть на 

консервативность всех частей 4-х 

альфа-спиралей целиком.

© Бабаян Тигран, 2005