Изображение выравниваний

Для выполнения данной работы мне было дано 6 белков из базы данных Uniprot:

• I4C028_DESTA
• D3V4H4_XENBS
• E3HYT5_RHOVT
• V2VXE3_9GAMM
• F4LVQ3_TEPAE
• J7IPW5_DESMD

Задание 1. Построение множественного выравнивания

Используя данные идентификаторы, я скачала белки в формате FASTA, открыла файлы в программе JailView (File -> Input alignment -> From file) и построила множественное выравнивание программой Muscle с параметрами по умолчанию (Web Service -> Alignment -> Muscle with defaults).

Задание 2. Удаление из выравнивания последовательности, не гомологичной остальным

Последовательность с идентификатором Q3A4G1_PELCD оказалась негомологичной, о чем свидетельствует тот факт, что при удалении её из выравнивания число консервативных колонок возросло (также в ней было значительно больше гэпов, а при последовательном удалении других последовательностей количество консервативных участков уменьшалось). N- и C- концевые участки последовательностей из-за негомологичности тоже были удалены из выравнивания.

Изображение выравнивания в раскраске BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%

Ссылки на файлы:

• Project (JVP)
• Task 1 (FASTA)
• Task 1 (MSF)