Визуализация молекул в JMol

На данной странице размещен апплет J(S)Mol, позволяющий с легкостью визуализировать структуры различных молекул. Так, используя кнопки "Start script" (нажимайте для запуска скрипта) и "Resume" (для смены изображений), Вы можете посмотреть белок 4R1L изучаемой мной бактерии Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482. В приложенном файле Вы можете ознакомиться с текстом скрипта.
Таблица 1 содержит данные о параметрах некоторых водородных связей между остовными атомами кислорода и азота, полученные с помощью программы JMol.

Интересен факт, что параметры водородных связей, как оказалось, не зависят от типа вторичной структуры белка. Несмотря на то, что полученных данных может быть недостаточно для полноценного анализа, они в целом согласуются с теоретически известными, а именно: типичная длина водородной связи составляет около 3Å, величина типичного угла - 180° (развернутый угол), при этом достигается максимальная сила связи.[1] Мы можем видеть, что длина связи в среднем стремится к 3Å, а величина угла - к значению 155° (т.е. измеренные углы представляют собой тупые углы). Различие в теоретической величине в 180° и величине в 155°, полученной на практике, можно объяснить тем, что наиболее выгодная конфигурация может достигаться при меньшей силе водородных связей, обусловленной взаимным влиянием других атомов белка. В полностью вытянутом β-листе соседние β-тяжи идут вверх, затем вниз, затем опять вверх и т.д. Складчатая структура β-тяжа объясняется тем, что углы φ и ψ (между Cα и С=О и Cα и N-H, соответственно) меньше, чем 180°, что приводит к зигзагоподобной форме цепи.