Поиск по PDB и содержание PDB файлов

1. Атомы с occupancy != 1.



Для выполнения задания был произведен advanced search по базе PDB c параметрами X-ray resolution 0.1-1.

Коэффициент заполнения атома - доля элементарных ячеек, в которых присутствует данный атом в определенной позиции. Обычно он равен 1, но может быть меньше при наличии альтернативных позиций.

Так, в структуре 6FMC (рис. 1), атомы углерода 366-368 и кислорода 369-372 могут встречаться в разных положениях, причем altercode А - чуть более часто встречаемый (occupancy = 0.53).

Рисунок 1. Пример с разной occupancy (6FMC).



2. Missing residues.



Для этого задания был произведен advanced search по базе PDB c параметрами X-ray resolution 3-4.

Missing residues - остатки, которые в результате РСА-эксперимента не смогли расшифровать. Это может быть вызвано высокой подвижностью соответствующих областей кристалла.

Среди находок была выбрана тиоредоксин редуктаза плесневого гриба 6BPY c разрешением 3.201 Å. Missing residues были обнаружены примерно в одинаковом соотнешении как в цепи А (рис. 2), так и в цепи В (не представлена на рисунке).


Рисунок 2. Пример с missing residues (6BPY).



3. C PDB структурой белка связаны три последовательности.



Белок 6BPY подошел по параметрам и для этого задания, где нужно было найти пример несовпадения последовательностей Uniprot (природного белка) и белка, который был закристаллизован в РСА-эксперименте. В advanced search можно использовать поиск wild type protein из раздела sequence features. В файле следует смотреть поля:
1) DBREF c UNP - кросс-референс между текущими PDB последовательностями из поля SEQRES и соотвествующей последовательностью из базы данных;
2) SEQRES - первичная последовательность белка, по которому получали РСА-структуру;
3) SEQADV - все найденные между DBREF и SEQRES различия (conflicts);
4) missing residues.

Для рассматриваемого белка есть 2 референсные последовательности в Uniprot (А и В). Последовательность закристаллизованного белка отличается наличием экспрессионного тега (рис. 3).


Рисунок 3. DBREF, SEQRES и SEQADV для белка 6BPY.



4. Лучший и худший В-факторы.



В последнем задании нужно было найти в PDB худший и лучший B-факторы для данной структуры.

B-фактор (температурный фактор) - число, в PDB рассматривается как характеристика (локальной) мобильности атома, отражает надежность определения координат атома. B-фактор 10-20 считается хорошим, если B-фактор > 60, то есть вероятность, что это артефакт кристаллизации. Зачастую не стоит придавать этому особое биологическое значение.

Примеры хороших В-факторов для 6BPY представлены на рис. 4, плохих - на рис. 5.

Рисунок 4. Хорошие В-факторы.



Рисунок 5. Плохие В-факторы.