Определение вторичной структуры
Для выполнения задания использовались ранее выбранная структура белка (см.
практикум 1) 5T30 и сервис
Stride.
Выдача в 2 форматах: текстовая и графическая (рис. 1).
Выдача в 2 форматах: текстовая и графическая (рис. 1).
Рисунок 1. Выдача сервиса Stride для 5T30.
Рисунок 2. PDB-файл белка 5T30 c указанием вторичных стурктур.
Элементы вторичной структуры | Координаты в PDB | Координаты в выдаче Stride |
β-тяж 1 (цепь А) | Gly122-Asn129 | Gly122-Asn129 |
β-тяж 2 (цепь В) | His134-Pro141 | His134-Pro141 |
α-спираль 1 (цепь А) | Asn19-Lys29, Lys29-Gly52 | Ala20-Lys51 |
α-спираль 2 | Ser103-Gly117/td> | Phe104-Gly117 |
Среди отличий между информацией из PDB и выдачей программы стоит отметить разное количество
α-спиралей: так, согласно Stride их должно быть 16 штук, хотя в базе описано только 12. При этом наблюдаются ошибки
"сдвига" в несоколько а.о., какие-то спирали ошибочно объединяются, в то время как другие - дробятся.
По словам авторов алгоритма для нахождения α-спиралей
используются некоторые эмпирические веса
T1α, T2α,
T3α, которые на момент создания алгоритма не были до конца оптимизированы.
Но для β-тяжей все определяется достаточно точно.
Но для β-тяжей все определяется достаточно точно.