Определение вторичной структуры

Для выполнения задания использовались ранее выбранная структура белка (см. практикум 1) 5T30 и сервис Stride.

Выдача в 2 форматах: текстовая и графическая (рис. 1).


Рисунок 1. Выдача сервиса Stride для 5T30.



Рисунок 2. PDB-файл белка 5T30 c указанием вторичных стурктур.



Элементы вторичной структуры Координаты в PDB Координаты в выдаче Stride
β-тяж 1 (цепь А) Gly122-Asn129 Gly122-Asn129
β-тяж 2 (цепь В) His134-Pro141 His134-Pro141
α-спираль 1 (цепь А) Asn19-Lys29, Lys29-Gly52 Ala20-Lys51
α-спираль 2 Ser103-Gly117/td> Phe104-Gly117


Среди отличий между информацией из PDB и выдачей программы стоит отметить разное количество α-спиралей: так, согласно Stride их должно быть 16 штук, хотя в базе описано только 12. При этом наблюдаются ошибки "сдвига" в несоколько а.о., какие-то спирали ошибочно объединяются, в то время как другие - дробятся. По словам авторов алгоритма для нахождения α-спиралей используются некоторые эмпирические веса T1α, T2α, T3α, которые на момент создания алгоритма не были до конца оптимизированы.

Но для β-тяжей все определяется достаточно точно.