Практикум 11
| ID | AbiJ_NTD3 |
| AC | PF18860.4 |
| Функция домена | Предположительно участвующими в защите PMID:23768067 |
| Full | 195 |
| Seed | 63 |
| Доменные архитектуры | 13 |
| Доменная архитектура 1 | AbiJ N-terminal domain 3 |
| Число белков | 485 |
| Доменная архитектура 2 | AbiJ N-terminal domain 3, Abortive infection C-terminus |
| Число белков | 288 |
| Белки с 3d структурой | 0 |
| Бактерии | 888 |
| Археи | 4 |
| Эукариоты | 3 |
| Дата создания | Wed Oct 13 18:10:51 2021 |
| Число позиций | 63 |
Карты локального сходства двух выбранных белков
Для построения карты мною были выбраны такие белки, как: A0A011TIU3 и A0A059EAR1 .
Было выполнено выравнивание с помощью Blast. При значении E-value=0.05 на карте хорошо заметны вставки или делеции в количестве трёх штук, их длина не превышает 1-2 аминокислотных остатка.
При изменении значения E-value в 500 раз хорошо заметны участки с малым сходством.
Подгруппы доменов
Для выделения подгрупп был выбран seed. Первая группа выделена зелёным, а вторая синим цветом. Разделение создано с помощью tree. Ссылка на jalview
| позиция | группа 1 | группа 2 |
| [9] | d | в основном r,n,a |
| [13] | l | нет упорядоченности |
| [18-29] | гэпов нет | гэпы |
| [89] | в основном e | нет упорядоченности |
| [94] | m,q | q,k |
| [103] | y | w |
| [121] | d | нет упорядоченности |
| [132] | v,i | нет упорядоченности |
| [133] | f | l,v,i,m |
| [136] | в основном e | в основном v |
| [143] | e | d |
| [144] | n | нет упорядоченности |
| [148] | w | v,a,q |
| [158] | l | в основном v |
| [162] | в основном i | y,f,l |
| [165] | l | нет упорядоченности |
| [171] | f,y | y,w,f |
| [178] | k | нет упорядоченности |
| [184] | нет упорядоченности | p |
| [185] | v | r,v,i |
| [187] | w | a,p,y,g |