Задание 1
| Protein Name | ID1 | ID2 | Score | % Identify | % Similarity | Gaps | Indels |
| Cold shock protein CspC | CSPC_ECOLI | CSPC_BACSU | 186.0 | 53.6 | 65.2 | 3 | 2 |
| Cold shock protein CspD | CSPD_ECOLI | CSPD_BACSU | 188.0 | 45.9 | 66.2 | 8 | 2 |
| D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacA | DACA_ECOLI | DACA_BACSU | 367.5 | 28.5% | 42.0% | 116 | 18 |
Задание 2
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1, % | Coverage 2, % |
| Cold shock protein CspC | CSPC_ECOLI | CSPC_BACSU | 193.0 | 59.7 | 72.6 | 1 | 1 | 89.86 | 92.42 |
| Cold shock protein CspD | CSPD_ECOLI | CSPD_BACSU | 188.0 | 52.3 | 73.8 | 1 | 1 | 87.84 | 96.96 |
| D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacA | DACA_ECOLI | DACA_BACSU | 374.0 | 29.1 | 42.7 | 114 | 20 | 97.77 | 97.97 |
Задание 3
| Protein Name | ID1 | ID2 | Score | % Identify | % Similarity | Gaps | Indels |
| Cold shock protein CspC & D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacA | CSPS_BACSU | DACA_ECOLI | 17.5 | 4.7 | 7.1 | 343 | 6 |
Глобальное парное выравнивание белков с разными мнемониками
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1, % | Coverage 2, % |
| Cold shock protein CspC & D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacA | CSPC_BACSU | DACA_ECOLI | 29.0 | 33.3 | 48.1 | 3 | 1 | 36.36 | 6.69 |
Локальное парное выравнивание белков с разными мнемониками
Задание 4
Была выбрана мнемоника: CSPC. На UniProt нашлись 1841 белок с данной мнемоникой, из которых только 21 описан.
Из них, помимо *ECOLI,я выбрал: *BACSU, *BACCR, *SALTY, *ECOLW, *ECOL6, *SHIFL. Я сделал выравнивание с помощью
функции muscle. Из-за большого количества консервативных участков, я считаю, что все выбранные мною белки гомологичны.
Группа белков *ECOLI, *SALTY, *ECOLW, *ECOL6 и *SHIFL схожи на всей своей длине. Выравнивание