Практикум 10

Для выравнивания я взял геном из NCBI, со страницы 'геномы NCBI' сервисом 'Browse by Organism'.Выбранные организмы: Chlamydia abortus (chlamydias) (CP024084.1) и Chlamydia avium 10DC88 (chlamydias) (CP006571.1).

При выравнивании с помощью MegaBlast (параметры не менялись) получились такие результаты:

При выравнивании с помощью BlastN (параметры не менялись) получились такие результаты:

При выдаче BLASTN появились черные точки, они являются гомологичными повторами в геноме. Я предполагаю, что выбраны разные точки начала плазмид. Участок в правом нижнем углу, вероятно, является истинным началом, верхняя полоса – продолжение. В силу того, что прямая возрастающая, можно сделать вывод, что выбранные цепи не являются комплиментарными. При выравнивании MEGABLAST есть много пропусков на самом выравнивании, а в BLASTN их почти нет, это миссматчи. Инверсий не наблюдется.