Практикум 3

Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание №1

Построение 3d структуры ДНК разных типов

Файлы можно скачать по соответсвующим ссылкам: A-форма, В-форма, Z-форма.

Задание №2

A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 28 35,8 45,1
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 15,7(T) 17,3(T) 17,2(C)
Ширина малой бороздки 11,5(C) 10(C) 8,2(G)

Задание №3

Анализ пространственной структуры тРНК

1)Торсионные углы:файл

2)Классификация динуклеотидов:файл

3)Стебли:

1- [G]902/[C]971-[A]907/[U]966;

2- [C]949/[G]965-[G]953/[C]961;

3- [A]937/[U]933-[C]944/[A]926;

4- [G]910/[C]925-[C]912/[G]923;

Для тРНК: №902 в файле <=> №1 в тРНК

4)Неканоничные пары:

[U]955/[G]918

[U]938/[U]932

[C]944/[A]926

[A]913/[A]945

5)Дополнительные водородные связи:

[U]954/[A]958

[U]955/[G]918

[A]913/[A]945

[A]914/[U]908

[G]915/[C]948

[G]919/[C]956