Практикум 4
Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Упражнение 1
Команда einverted пакета EMBOSS с разными параметрами смогла найти 2 разных стебля:
Упражнение 2
| Участок структуры | find_pair | einverted | алгоритм Зукера |
| Акцепторный стебель | 902/971-907/966 | 902/971-907/966 | 902/971-907/966 |
| D-стебель | 910/925-912/923 | - | 910/925-912/923 |
| T-стебель | 949/965-953/961 | - | 949/965-953/961 |
| Антикодоновый стебель | 937/933-944/926 | 936/934-943/927 | 939/931-943/927 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов в стеблях | 18 | 13 | 15 |
Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 50 | 54 |
| остатками фосфорной кислоты | 33 | 34 | 67 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 62 | 81 | 143 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 2 | 2 |
Nucplot+GhostScript
Аминокислотные остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК:
ARG124(A) и ARG180(B)
Довольно большое количество А.О. образуют по 2 водородные связи, однако многие это делают через молекулу воды водяного мостика.
Наиболее важные А.О. для распознавания последовательности ДНК: Arg124 и Arg146. Тк связывается с двумя гуанинами и обеспечивает эффективное распознование.
Использовал веб аналог Jmol: MolView