Практикум 7
Нуклеотидные банки данных
Задание 1
Кабанчики - прикольные создания, которые очень мило хрюкают. Поэтому я решил начать поиск генома на NCBI c Suidae (pigs). Сайт нашел 31 геном, тогда я в фильтрах выставил уровнь сборки: Chromosome, а в статусе: только аннотированные геномы. После всех изменений в поисковом запросе осталось только 2 генома: Sus scrofa и
Phacochoerus africanus. И я выбрал вторую, хотя обе эти сборки являются референсными, то есть высшего качества.
[1]
Африканский бородавочник – дикий представитель семейства Suidae, обитающий на пастбищах, саваннах и редколесье Африканского континента к югу от Сахары. Окрас, как правило, черный или коричневый.Хвост длинный и заканчивается пучком волос. Небольшое содержание подкожного жира и редкая шерсть, делает африканских бородавочников восприимчивым к экстремальным температурам окружающей среды.[2]
Реальное количество хромосом:17 как и в выбранной сборке.
Задание 2
| Идентификатор GenBank | GCA_016906955.1 |
| Идентификатор RefSeq | GCF_016906955.1 |
| Общий размер генома | 2.4 млрд п.н. |
| Скэффолд N50 | 141.9 млн п.н. |
| Скэффолд L50 | 6 |
| Контиг N50 | 10.6 млн п.н. |
| Контиг L50 | 71 |
N50 и L50 - оценки качества сборки генома. N50 определяется как самый короткий контиг (или скэффолд) при суммировании длин минимального числа контигов (или скэффолдов) для получения суммы, не меньше половины длины сборки генома.
L50 — минимальное число контигов (или скэффолдов), чья суммарная длина не менее половины суммарной длины сборки.[3]
Задание 3
Последовательно скачал:
Нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA);
Последовательности белков (в формате FASTA);
Последовательности генома с аннотацией (GBFF).