Практикум 2

Белок SecA — это связанная с клеточной мембраной субъединица бактериального секреторного пути Sec или типа II. Эта система отвечает за секрецию белков через клеточную мембрану. В рамках этой системы АТФаза SecA образует транслоказный комплекс с каналом SecYEG, тем самым управляя перемещением белкового субстрата через мембрану. SecA — это сложный белок, структура которого состоит из шести охарактеризованных доменов. Они объясняют способность SecA связывать субстраты и перемещать их.

MAFFT - это программа выравнивания нескольких последовательностей для unix-подобных операционных систем. Она предлагает различные методы выравнивания.

FastME - алгоритм для определения филогении, основан на сбалансированной минимальной эволюции, что является самим принципом NJ. Он включает в себя обмен данными с ближайшими соседями (NNI), а также обрезку поддеревьев и повторную прививку (SPR), оставаясь при этом таким же быстрым, как NJ, и предоставляя ряд возможностей: оценку расстояния для ДНК и белков с различными моделями и опциями, начальную загрузку и параллельные вычисления.

TNT - филогенетический анализ в условиях экономии.

PhyML - Программное обеспечение для филогенетической оценки с использованием максимального правдоподобия.

Изображение дерева

Нетривиальные ветви дерева

1. (BRUSU, BARHE) vs (ROSDO, ACICJ, POLAQ, THIDA, HAEIN, SERP5) - Hyphomicrobiales

2. (BRUSU, BARHE, ROSDO, ACICJ) vs (POLAQ, THIDA, HAEIN, SERP5) - Alphaproteobacteria

3. (HAEIN, SERP5) vs (BRUSU, BARHE, ROSDO, ACICJ, POLAQ, THIDA) - Gammaproteobacteria

4. (POLAQ, THIDA) vs (BRUSU, BARHE, ROSDO, ACICJ, HAEIN, SERP5) - Betaproteobacteria