Практикум 4

Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Находки BLAST

Реконструкция и визуализация

Формула дерева

Паралоги

CLPX_ROSDO - HLSU_ROSDO

RUVB_BARHE - A0A0H3LXZ4_BARHE

RUVB_ROSDO - Q167Z2_ROSDO

Ортологи

RUVB_ROSDO - RUVB_BARHE

CLPX_BARHE - CLPX_BRUSU

HLSU_SERP5 - HLSU_HAEIN

Паралоги

это гомологичные белки, принадлежащие одному организму. Они возникают в результате дупликации гена и могут разойтись в процессе эволюции настолько, что начнут выполнять разные функции.

Зеленым цветом выделены белки-паралоги организма ROSDO

Синим цветом выделены белки-паралоги организма BARHE

Ортологи

это гомологичные белки из разных организмов, разошедшиеся в процессе видообразования и выполняющие одну и ту же функцию.

Я отметил разные ортологические группы белков разными цветами:

Зеленым выделена ветка HLSU

Синим выделена ветка CLPX

Желтым выделена третья ветка белков

Выводы

В группу ортологичных белков HLSU не вошли белки бактерии POLAQ. Топология совпадает с исходным деревом.

В группу ортологичных белков CPLX вошли белки всех бактерий. Топология сильно отличается. Из исходных нетривиальных ветвей остались только:

(BRUSU, BARHE, ROSDO, ACICJ) vs (POLAQ, THIDA, HAEIN, SERP5)

(BRUSU, BARHE) vs (ROSDO, ACICJ, POLAQ, THIDA, HAEIN, SERP5)

В группу ортологичных белков FTSH вошли белки всех бактерий. Топология отличается от исходного дерева.

.

Появилась новая ветвь (ROSDO, ACICJ) vs (BRUSU, BARHE, POLAQ, THIDA, HAEIN, SERP5)