Практикум 6
Сравнение предсказаний трансмембранных участков в бета-листовом белке
Protein name - Invasin / Инвазин
PDB ID - 4e1t
Family - Autotransporter-3
Species - Yersinia pseudotuberculosis
Localization - Gram-neg. outer
UniProt - P11922
Инвазин - это белок, который позволяет кишечнополостным бактериям проникать в культивируемые клетки млекопитающих. Проникновение инвазина в клетку опосредовано связыванием нескольких интегринов с бета-1 цепью.
Распологается во внешней мембране клетки.
TM segments:
1 (150-157) | 2 (166-175) | 3 (183-191) | 4 (197-206)
5 (211-220) | 6 (229-238) | 7 (241-249) | 8 (270-277)
9 (287-292) | 10 (313-321) | 11 (328-333) | 12 (343-351)
Последовательность была взята из UniProt
DeepTMHMM для последовательности нашего белка:
Картинка сверху отображает наиболее вероятную топологию белка
Картинка снизу показывает вероятность той или иной топологии для каждого участка белка
Предсказание DeepTMHMM
1 (151-158) | 2 (166-173) | 3 (183-190) | 4 (198-205)
5 (213-219) | 6 (231-237) | 7 (241-247) | 8 (272-278)
9 (285-291) | 10 (315-321) | 11 (326-332) | 12 (343-350)
Предсказание DeepTMHMM оказалось неточным, ни однин участок не совпадает полностью.
Сравнение предсказаний трансмембранных участков в альфа-спиральном белке
Protein name - Топологическая детерминанта клеточного деления MinJ / Cell division topological determinant MinJ
Species - Bacillus subtilis
UniProt - O34375 · MINJ_BACSU
Основная функция системы Min заключается в стимулировании разборки цитокинетического кольца после деления клетки, тем самым гарантируя, что деление происходит только один раз за клеточный цикл. MinJ действует как мост между DivIVA и MinD. Может модулировать активность и локализацию MinD и MinC посредством прямого взаимодействия с MinD.
DeepTMHMM для последовательности нашего белка:
Предсказание AlphaFold и PPM 3.0
Мои параметры:
Type of membrane - Gram-positive bacteria inner membrane
Topology (N-ter) - out (по литературе + по предсказанию DeepTMHMM начало 'outside')
К сожалению я не могу пока закончить практикум, тк мой запрос находится уже второй день в очереди.