Практикум 7

Базы данных

Я получил список генов для общего анализа по различным базам данных: Гены

Я решил использовать для общего анализа веб сервис EnrichR с которым я уже работал.

В EnrichR я использовал весь список своих генов.

EnrichR — это веб-сервис, который предоставляет инструменты для анализа функционального обогащения генов. Он помогает исследователям интерпретировать большие наборы данных, такие как списки генов, выявленные в экспериментах, например, в исследованиях экспрессии генов.

Основные функции EnrichR включают:

Анализ обогащения: Enrichr использует различные базы данных для определения, какие биологические процессы, пути или функции статистически обогащены в заданном списке генов.

Богатые библиотеки данных: Сервис включает множество библиотек с информацией о путях, биологических процессах и молекулярных функциях, таких как GO (Gene Ontology), KEGG, Reactome и другие.

Визуализация данных: Сервис предоставляет различные способы визуализации результатов, включая графики и диаграммы, что помогает в интерпретации данных.

Из всего обилия я выбрал интересующие меня базы данных, такие как KEGG 2021 Human и GO Biological Process 2023.

GO Biological Process 2023

В базе данных GO Biological Process 2023 можно найти информацию о различных биологических процессах, в которых участвуют гены и белки. Эта база данных является частью Gene Ontology и включает:

Описание процессов: Подробные описания биологических процессов, таких как клеточный цикл, метаболизм, сигнальные пути и другие.

Иерархическая структура: Процессы организованы в иерархическую структуру, от общих категорий до более специфичных.

Аннотации генов: Информация о том, какие гены и белки участвуют в каждом процессе.

Взаимосвязи между процессами: Как различные процессы связаны друг с другом и как они взаимодействуют.

Выданные мне гены учавствуют в таких процессах как синтез нуклеотид-сахаров, синтез аминосахаров, таких как глюкозамин и галактозамин, синтез УДФ-N-ацетилглюкозамина (UDP-GlcNAc), который является ключевым промежуточным продуктом в метаболизме углеводов и тд.

Можно сделать вывод, что эти гены играют ключевую роль в метаболизме углеводов и могут быть объединены в функциональные группы, связанные с биосинтетическими путями и регуляцией клеточных процессов.

Наше предположение легко подтверждается поиском по базе данных KEGG 2021 Human

KEGG 2021 Human

База данных KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) — это интегрированная база данных, используемая для понимания биологических систем, таких как клетки, организмы и экосистемы, на основе молекулярной информации, особенно геномов. KEGG предоставляет информацию о генах, белках, метаболических путях и взаимодействиях.

KEGG Pathway:

Содержит информацию о метаболических и сигнальных путях.

Визуализирует взаимодействия между молекулами в клетке.

KEGG Genes:

Включает информацию о генах и их функциях в различных организмах.

KEGG Modules:

Представляет функциональные единицы, такие как комплексы и метаболические модули.

KEGG Orthology (KO):

Группирует гены из различных организмов на основе их функциональной аналогии.

KEGG Compound:

Содержит информацию о химических соединениях, участвующих в биологических процессах.

KEGG Reaction:

Описывает химические реакции, катализируемые ферментами.

Выводы:

Ключевые процессы:

Наши гены участвуют в важных метаболических процессах, таких как синтез нуклеотид-сахаров и аминосахаров.

Они играют значительную роль в синтезе UDP-N-ацетилглюкозамина, который является важным промежуточным продуктом в метаболизме углеводов.

Функциональные группы:

Гены могут быть сгруппированы по их участию в биосинтетических путях и регуляции клеточных процессов.

Подтверждение данных:

Использование EnrichR и KEGG 2021 Human позволило подтвердить предположения о функциональной значимости этих генов.

Применение:

Результаты могут быть полезны для дальнейших исследований в области метаболизма и разработки терапевтических стратегий.