Практикум 8

Последовательность Козак - последовательность нуклеотидов в составе молекулы мРНК эукариот, окружающая старт-кодон и необходимая для инициации трансляции.

Была получена позиционная весовая матрица с псевдоотсчетами.

Таблица 1. Позиционная весовая матрица

letter	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13
A	2.02	2.29	2.33	2.28	2.93	2.53	2.19	3.74	-4.08	-4.08	2.19	2.55	2.00
T	2.16	2.09	2.04	1.70	1.34	1.81	1.27	-4.08	3.74	-4.08	1.69	2.08	2.24
G	2.89	3.10	2.90	2.84	3.01	2.48	2.85	-3.72	-3.72	4.11	3.40	2.38	3.13
C	2.97	2.55	2.82	3.07	2.08	3.09	3.24	-3.72	-3.72	-3.72	2.32	2.99	2.63

Рисунок 1. Гистограмма весов

На гистограмме видно, что график отрицательного контроля сдвинут влево по сравнению с остальными графиками. В качестве достоверных, были взяты последовательности, вес которых выше 37. То есть пороговый вес - 37. Далее была построена матрицу результатов проверки.

Таблица 1. Матрица результатов проверки

	обучение	контроль(+)	контроль(-)
сигнал(+)	353 (70.6%)	366 (73.2%)	129 (25.8%)
сигнал(-)	147 (29.4%)	134 (26.8%)	371 (74.2%)

Затем была получена матрица информационного содержания

Таблица 3. Матрица информационного содержания

letter	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13
A	6.49	9.68	10.28	9.56	23.50	13.63	8.39	67.56	0.00	0.00	8.39	14.01	6.27
T	8.05	7.26	6.70	4.00	2.17	4.70	1.92	0.00	67.56	0.00	3.90	7.15	8.97
G	15.44	20.35	15.58	14.47	18.15	8.77	14.61	0.00	0.00	74.13	30.18	7.65	21.24
C	17.15	9.66	14.05	19.76	4.96	20.20	24.56	0.00	0.00	0.00	7.05	17.72	10.82
IC(j)	47.12	46.94	46.62	47.79	48.79	47.29	49.48	67.56	67.56	74.13	49.52	46.53	47.30

С использованием сервиса WebLOGO 3 было построено LOGO.

На представленном лого видно, что старт-кодон консервативен. Однако никакие другие достаточно консервативные участки в этой последовательности выделить не удаётся.