BLAST
Гомологичный белок A0A0R1MDJ6
Поиск гомологичных белков был выполнен с помощью BLASTP. Для поиска использовалась база Swiss-Prot, word size был уменьшен с 5 до 2 для более точного поиска. Я пробовал искать по ID, но были странные результаты. Я сделал поиск по самой последовательности и всё отлично получилось.
Выдача BLAST
Выравнивание Jalview
С помощью MAFFT было построено множественное выравнивание семи белков разных организмов. По результатам выравнивания белки выглядят гомологичными, они почти на всём протяжении идентичны за исключением небольших участков . Это логично тк у них e-value = 0 и по названию 1 и та же функция.
Вирусный полипротеин
UniProt ID:
Q65179
Вирус: African swine fever virus
Фрагмент:
id="PRO_0000373446"
,
2..158
MAFFT-выравнивание показало, что вирусные белки гомологичны и довольно схожи, но менее чем белки из первого пункта.
Доля вирусов
E-value при поиске P0CA08.1 без фильтра составил 3e-111, а при поиске с фильтром по вирусам 3e-112. По этой оценке вирусные белки составляют примерно 10% от всей базы.