| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1718.0 | 70.0% | 83.4% | 3 | 3 |
| Lysine-sensitive aspartokinase 3 | AK3_ECOLI | AK3_BACSU | 358.5 | 26.7% | 43.6% | 65 | 18 |
| Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ALF_ECOLI | ALF_BACSU | 279.0 | 25.3% | 41.0% | 98 | 16 |
Примечание к названиям белков. 6PGD_BACSU — “6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP(+)-dependent, decarboxylating”; AK3_BACSU — “Aspartokinase 3”; ALF_BACSU — “Probable fructose-bisphosphate aldolase”.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1719.0 | 70.1% | 83.6% | 3 | 3 | 99.8% | 99.8% |
| Lysine-sensitive aspartokinase 3 | AK3_ECOLI | AK3_BACSU | 360.5 | 27.3% | 44.4% | 57 | 16 | 98.7% | 98.2% |
| Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ALF_ECOLI | ALF_BACSU | 289.0 | 27.5% | 43.2% | 78 | 12 | 88.0% | 89.1% |
В целом локальное выравнивание почти не меняет результат для 6PGD, немного уточняет его для AK3 и наиболее полезно для ALF. В локальном выравнивании появились сопоставленные пары букв, которых не было в глобальном варианте: глобальный алгоритм оптимизировал путь по всей длине последовательностей и мог не включить локальные совпадения из-за суммарного штрафа за пробелы или несоответствия.
| Method | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| needle | 009L_FRG3G | FRMD3_HUMAN | 35.5 | 7.0% | 14.1% | 803 | 22 | 100.0% | 100.0% |
| water | 009L_FRG3G | FRMD3_HUMAN | 53.5 | 16.8% | 29.5% | 117 | 14 | 35.3% | 98.0% |
По выравниванию видно что белки не гомологичны.
По запросу infoseq 'sw:6PGD_*' -only -name -nohead -out 6PGD_list.txt
было найдено 53 белков 6-phosphogluconate dehydrogenase.
Для выравнивания были выбраны первые пять последовательностей.
muscle
muscle -align list.fasta -output multi.fastaВыравнивание получилось хорошо. Самые большие консервативные участки: 128-146, 180-200, 442-459.