Протокол занятия

Определение последовательности тРНК,которая была (скорее всего) использована рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи белка TKT1_ECOLI

Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка TKT1_ECOLI R
Соответствующий кодон в гене tkt 5'-cgt-3'
Идеальный антикодон 5'-acg-3'
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка R (если опираться на генетический код)? 6
Сколько тРНК для остатка R аннотировано в геноме кишечной палочки? 7 (по числу разных антикодонов)
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
название гена argY
координаты гена в записи EMBL complement(2816220..2816296)
антикодон ACG

Команда, использованная для поиска всех <аргининовых> тРНК в геноме E-coli
grep 'anticodon.*Arg' ecoli.embl
Результаты поиска:
FT /anticodon=(pos:563980..563982,aa:Arg)
FT /anticodon=(pos:2464364..2464366,aa:Arg)
FT /anticodon=(pos:2815846..2815848,aa:Arg)
FT /anticodon=(pos:2816121..2816123,aa:Arg)
FT /anticodon=(pos:2816260..2816262,aa:Arg)
FT /anticodon=(pos:2816535..2816537,aa:Arg)
FT /anticodon=(pos:3980432..3980434,aa:Arg)

Поиск гомологичных тРНК в геноме архебактерии Sulfolobus solfataricus

Программа MegaBLAST BLASTN fastA Discontigous MegaBLAST
Число находок с Е-value < 0,001 0 0 2 (есть ещё 2 с Е=0.0015) 0
Характеристика лучшей находки:
E-value находки - - 1.4e-05 -
Номер сектора генома - - - -
AC соответствующей записи EMBL - - AE006699 -
координаты выравнивания в записи EMBL - - 5-69:3413-3477 -
Аннотация лучшей находки по EMBL - -
tRNA-Met
(Sulfolobus solfataricus P)		 -

Гомологичные тРНК были найдены только программой fastA, так длина якоря в этой программе меньше, чем в программах пакета BLAST. Длина последовательности тРНК достаточно мала, поэтому длина якоря в этом случае имеет большое значение.

Использованные для поиска гомологов тРНК программы:
  • fasta35 tRNA.fasta ss_genome.fasta
  • formatdb -i ss_genome.fasta -n ss -p F
  • blastall -p blastn -d ss -i tRNA.fasta -o blastn_result_4 -e 0.001
  • megablast -d ss -i tRNA.fasta -o megablast_result_4 -e 0.001
  • megablast -d ss -i tRNA.fasta -o d_megablast_result_4 -e 0.001 -W 11 -t 21 -N 2

    © Головкина Мария Сергеевна