Множественное выравнивание. Мотивы и паттерны.

С помощью программы blastp я нашёл (ortolog.fasta) гомологи своего белка, из которых выбрал 5, с процентами совпадений 40-80%, E-value не хуже (не больше) 10-3. Оказалось (совершенно не специально), что у всех них в описании сказано, что они тоже связывают Витамин B-12. После построения выравнивания в программе muscle я получил выравнивание (aligned.fasta), в котором было видно два довольно консервативных домена – как раз на месте аминокислот, взаимодействующих с витамином. Я выбрал второй из этих участков для дальнейшего исследования, экспортировав его в html-файл aligned.htm и сохранив в fragment.msf.

Паттерн – эдакий «образец» для последовательности, позволяющий без сложных алгоритмов выравнивания получить последовательности по заданному образцу. Моим заданием было создать такие «паттерны» для интересующего меня сайта связывания с витамином. Их должно было быть три – один в точности соответствовать фрагменту моего белка, второй должен был распозновать белки моей выборки и только их, а третий – быть слабым и неправильным, на основе второго. Поиск по паттернам производится на сайте PROSITE с параметрами «not greedy, not overlap», что означает, что найденные последовательности не обязательно должны были быть наибольшей длинны и не должны накладываться друг на друга.

Последним упражнением был поиск мотивов в моём белке с помощью PROSITE. Как мне кажется, из найденных мотивов ценность имеет только первый, весьма подходящий по смыслу, а остальные - лишь издержки мягких условий поиска, без отсортировки неспецифичных паттернов.