Семейства белковых доменов. Pfam и InterPro.

После поиска на главной странице Pfam я получил изображения доменной структуры своего белка на вторичной структуре и в трёхмерном виде – они предсталены на Рис. 1 и Рис. 2 соответственно. Ничего интересного там нет, т.к. в этой базе данных для моего белка определён только один домен.

Это семейство высокоселективных транспортных белков – импортёров и экспортёров – которые состоят их двух трансмембранных спиралей, формирующих translocation pathway, и двух цитплазматических доменов, которые осуществляют транспортную реакцию с помощью гиролиза ATP.
В данном семействе 848 белков.
Домен PF01497, как правило, один из двух доменов в небольшом белке (как правило, от 300 до 500 с лишним оснований) – видимо, это связано с мобильностью этих белков. Ни в одном из типичных белков этот домен не встречался более одного раза; это довольно логично, ведь этот домен характерен для транспортных белков, которым вряд ли нужно одновременно связываться с двумя молекулами лиганда.

На сайте InterPro мною был произведён поиск по ID моего белка. Выбор был невелик – передо мной появилась лишь одна запись, так что смотреть на количество записей в поле Signatures не пришлось.
ID этой записи в базе - IPR002491, полное название не особо оригинально - Periplasmic binding protein. Всего с соответствующими мотивами было найдено 1158 белков.
Единственным «ребёнком» этой записи является Ferrichrome-binding periplasmic protein, к которому относится всего 60 белков. Как я понял, это семейство включает в себя белки, которые связываются не с чем-нибудь, а с железосвязывающими комплексами.