На главную страницу
На страницу второго семестра

Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

Построение дерева вручную

С помощью указанного алгоритма UPGMA я построил дерево ((((O34805_BACSU:25,O59342_PYRHO:25):18.5,BTUF_ECOLI:18.5):12.75,Q48939_METBA:12.75):8.75,Y872_METJA:8.75); из последовательностей, которые я выравнивал в занятии 10. Рабочий файл - UPGMA С помощью программ drawtree и drawgram я также получил два изображения этого дерева - укоренённое и неукоренённое.

Рисунок 1. Укоренённое дерево	Рисунок 2. Неукоренённое дерево

Дерево, полученное по методу ближайших соседей

Таблица 1. Эталонное множественное выравнивание домена


																						*									2	0										*									4	0										*									6	0										*									8	0
O	5	9	3	4	2	_	P	Y	R		:		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	M	K	R	L	I	V	P	L	F	L	A	I	I	V	L	V	S	G	C	I	G	S	S	T	T	P	T	T	T	T	T	P	Q	T	Q	S	T	H	T	I	T	K	T	K	E	M	T	R	T	I	T		:			5	1
O	3	4	8	0	5	_	B	A	C		:		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	M	K	K	R	A	G	I	W	A	A	L	L	L	A	A	V	M	L	A	G	C	G	N	P	A	D	Q		:			2	7
B	T	U	F	_	E	C	O	L	I		:		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-		:				-
Q	4	8	9	3	9	_	M	E	T		:		-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	M	N	R	K	I	Y	S	I	V	L	L	L	L	L	L	P	V	V	M	L	C	G	C	V	E	N	T	D	Q	Q	A	V	L	N	S	S	T	E	L	Q		:			4	0
Y	8	7	2	_	M	E	T	J	A		:		M	R	K	L	F	L	L	S	I	L	M	I	G	V	I	V	A	F	A	G	C	V	E	E	S	K	T	T	T	Q	L	Q	Q	T	T	Q	S	E	S	Q	K	A	E	T	Q	P	K	L	G	V	N	V	V	R	Y	A	E	T	F	K	L	Y	P	H	W	D	E	G	Y	C	V	V	A	D	S	V	G	N	K	F	V		:			8	1

*

1

0

0

*

1

2

0

*

1

4

0

*

1

6

0

O

5

9

3

4

2

_

P

Y

R

:

E

T

V

T

I

T

M

T

P

T

H

Y

P

L

T

I

V

D

S

L

G

R

R

V

T

I

E

K

E

P

Q

R

I

V

S

L

A

P

S

I

T

E

T

L

Y

F

I

G

A

L

D

K

V

V

G

V

T

K

F

D

D

F

P

P

G

V

K

K

G

R

T

I

I

G

D

F

S

N

P

N

I

:

1

3

2

O

3

4

8

0

5

_

B

A

C

:

K

D

S

K

A

K

Q

K

T

E

V

F

P

V

T

I

D

D

A

S

N

Q

D

V

T

I

K

K

E

P

K

K

I

V

S

L

M

P

S

N

T

E

I

T

Y

A

L

G

L

G

D

K

V

V

G

V

T

T

N

D

T

Y

P

K

E

V

K

K

V

E

K

V

G

-

-

D

M

N

V

N

V

:

1

0

6

B

T

U

F

_

E

C

O

L

I

:

-

-

-

-

-

-

M

A

K

S

L

F

R

A

L

V

A

L

S

F

L

A

P

L

W

L

N

A

A

P

-

R

V

I

T

L

S

P

A

N

T

E

L

A

F

A

A

G

I

T

P

-

-

V

G

V

S

S

Y

S

D

Y

P

P

Q

A

Q

K

I

E

Q

V

S

-

T

W

Q

G

M

N

L

:

7

1

Q

4

8

9

3

9

_

M

E

T

:

N

S

S

T

V

Q

I

T

D

M

L

G

R

Q

L

T

V

P

A

E

I

S

S

T

I

G

T

S

S

P

S

A

I

L

V

Y

M

L

A

P

D

K

L

A

G

W

N

S

K

Q

N

F

T

Q

P

F

M

D

E

N

Y

S

N

L

P

V

I

G

N

W

L

G

S

-

-

-

K

T

G

N

Y

:

1

1

8

Y

8

7

2

_

M

E

T

J

A

:

L

V

E

G

N

A

K

A

P

N

I

S

D

G

K

I

I

K

V

P

V

K

R

I

V

T

D

F

Y

C

P

I

I

S

A

A

D

I

L

N

A

Y

H

H

T

I

V

G

A

P

K

Y

A

V

E

K

S

P

K

L

K

E

L

F

D

E

G

K

V

V

D

I

G

S

P

S

K

G

V

N

Y

:

1

6

2

p

6

g

v

k

N

*

1

8

0

*

2

0

0

*

2

2

0

*

2

4

0

O

5

9

3

4

2

_

P

Y

R

:

E

V

I

A

S

L

K

P

D

L

I

I

G

-

-

-

-

-

-

-

-

T

S

L

H

I

K

Y

L

D

K

L

Q

E

I

A

P

V

V

I

V

D

-

P

K

N

I

D

E

I

Y

D

W

I

I

K

L

G

K

I

V

N

R

E

E

E

A

K

G

V

V

N

Y

M

K

A

I

V

E

D

I

:

2

0

4

O

3

4

8

0

5

_

B

A

C

:

E

K

V

I

S

L

K

P

D

L

V

L

A

H

E

S

S

M

-

-

S

A

S

A

D

A

I

K

Q

L

K

D

A

G

I

T

V

L

T

V

N

D

-

A

Q

S

F

S

E

V

Y

K

S

I

E

M

I

G

E

A

G

G

A

E

K

K

A

D

Q

L

V

K

S

M

K

S

D

L

K

D

I

:

1

8

4

B

T

U

F

_

E

C

O

L

I

:

E

R

I

V

A

L

K

P

D

L

V

I

A

W

R

G

-

-

-

-

-

G

N

A

E

R

Q

V

D

Q

L

A

S

L

G

I

K

V

M

W

V

D

-

A

T

S

I

E

Q

I

A

N

A

L

R

Q

L

A

P

W

S

P

Q

P

D

K

A

E

Q

A

A

Q

S

L

L

D

Q

Y

A

Q

L

:

1

4

6

Q

4

8

9

3

9

_

M

E

T

:

E

T

V

I

D

M

H

P

D

I

F

I

E

S

T

A

T

N

G

K

T

N

E

A

I

E

R

R

Q

E

N

L

G

S

I

P

V

V

A

I

N

D

S

I

L

F

V

T

Q

S

D

P

T

I

E

Y

V

G

K

L

L

N

C

E

S

Q

A

K

K

L

I

E

F

R

S

S

I

L

N

E

I

:

1

9

9

Y

8

7

2

_

M

E

T

J

A

:

E

L

I

V

N

L

T

P

D

I

V

F

L

G

D

W

K

S

-

E

D

V

V

E

E

K

L

K

E

L

G

V

T

V

S

R

F

Y

T

Y

Q

E

P

T

Y

M

G

R

V

E

W

I

K

F

A

A

A

F

W

G

S

N

A

Y

K

K

A

D

K

W

F

E

N

V

V

K

V

R

E

N

I

:

2

4

2

E

6

6

P

D

6

d

A

6

*

2

6

0

*

2

8

0

*

3

0

0

*

3

2

0

O

5

9

3

4

2

_

P

Y

R

:

K

A

K

T

E

N

A

T

K

V

K

-

-

-

V

F

Y

L

V

S

Y

Y

E

G

Y

W

T

A

G

N

G

T

F

I

D

S

L

I

S

L

A

G

G

E

N

I

F

H

D

I

Q

G

-

-

-

-

W

K

V

V

S

V

E

E

I

V

A

R

D

P

E

V

I

I

L

S

Q

H

P

G

V

:

2

7

8

O

3

4

8

0

5

_

B

A

C

:

Q

E

K

A

K

T

I

S

K

D

E

E

K

S

V

F

I

E

V

S

P

D

P

D

I

Y

T

T

G

K

D

T

F

M

N

E

M

L

N

V

I

H

A

K

N

A

A

A

D

Q

T

G

-

-

-

-

W

V

Q

M

T

D

E

A

I

V

K

L

N

P

D

A

I

V

T

T

D

G

V

K

A

:

2

6

1

B

T

U

F

_

E

C

O

L

I

:

K

A

Q

Y

A

D

K

P

K

K

R

-

-

-

V

F

L

Q

F

G

I

N

P

-

P

F

T

S

G

K

E

S

I

Q

N

Q

V

L

E

V

C

G

G

E

N

I

F

K

D

S

R

V

P

-

-

-

W

P

Q

V

S

R

E

Q

V

L

A

R

S

P

Q

A

I

V

I

T

G

G

P

D

Q

:

2

2

0

Q

4

8

9

3

9

_

M

E

T

:

N

S

T

V

K

D

I

P

E

D

Q

K

V

R

V

Y

Y

A

E

G

P

K

G

-

L

M

T

D

P

S

G

S

Q

H

S

Q

V

I

D

I

C

G

G

I

N

V

A

D

C

P

L

T

S

G

S

G

M

T

Q

V

S

I

E

Q

V

M

N

W

N

P

E

V

I

I

T

S

N

-

P

Q

F

:

2

7

8

Y

8

7

2

_

M

E

T

J

A

:

L

K

K

V

Q

N

V

T

N

E

P

T

V

V

I

F

S

W

S

K

T

K

N

M

P

G

I

Y

G

N

D

S

Y

Y

S

K

M

I

A

E

F

K

G

K

N

V

F

D

D

Y

N

R

G

Y

Q

Y

V

D

K

E

T

F

Y

E

R

A

M

N

A

D

V

V

I

L

I

W

F

Y

G

D

V

:

3

2

3

6

5

t

g

3

6

6

g

N

d

3

e

p

I

6

*

3

4

0

*

3

6

0

*

3

8

0

*

O

5

9

3

4

2

_

P

Y

R

:

T

P

K

D

L

C

N

T

P

-

-

-

L

A

K

T

T

A

F

K

N

G

R

I

Y

M

I

S

D

D

N

I

I

S

R

P

G

P

R

I

V

L

G

L

E

E

L

A

Y

F

I

H

P

E

V

F

N

Y

A

Y

Q

S

K

A

I

A

C

A

S

S

:

3

4

5

O

3

4

8

0

5

_

B

A

C

:

K

A

V

E

K

R

D

G

-

-

-

-

W

S

E

I

N

A

V

K

H

H

R

V

Y

D

V

D

P

D

-

L

V

T

R

S

G

P

R

L

I

E

G

V

E

E

L

A

E

S

I

Y

P

D

T

F

K

E

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

:

3

1

4

B

T

U

F

_

E

C

O

L

I

:

I

P

K

I

K

Q

Y

W

G

-

-

-

E

Q

L

K

I

P

V

I

P

-

-

-

-

-

-

L

T

S

D

W

F

E

R

A

S

P

R

I

I

L

A

A

Q

Q

L

C

N

A

L

S

Q

V

D

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

:

2

6

6

Q

4

8

9

3

9

_

M

E

T

:

Y

S

T

V

Y

S

D

S

L

-

-

-

W

A

S

M

D

A

V

K

N

K

K

V

Y

L

A

P

Q

N

P

F

C

W

I

D

R

P

Q

A

L

T

L

F

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

:

3

1

9

Y

8

7

2

_

M

E

T

J

A

:

K

T

K

E

D

L

L

K

I

N

P

N

F

A

E

F

K

A

F

K

T

G

R

F

Y

V

S

H

P

D

Y

Y

V

W

E

A

R

D

P

A

G

Y

M

M

D

F

A

K

M

I

H

P

E

L

F

G

G

D

D

D

L

K

Y

Y

Y

K

I

K

-

-

:

3

9

1

a

k

y

p

После импорта этого выравнивания в файл full_seq.fasta я выполнил построение филогенетического дерево с помощью программы emma. Я получил дерево следующего вида:

( ( O59342_PYRHO:0.34029, O34805_BACSU:0.34761) :0.00503, BTUF_ECOLI:0.41606, ( Q48939_METBA:0.40767, Y872_METJA:0.44499) :0.05046);

Которое визуализировал аналогичным образом:

Рисунок 3. Укоренённое дерево	Рисунок 4. Неукоренённое дерево

На главную страницу
На страницу второго семестра