На главную страницу
На страницу второго семестра

Выравнивания аминокислотных последовательностей. Работа с программой GeneDoc.

Построение выравнивания двух коротких аминокислотных последовательностей.

Мною вручную было построено выравнивание двух аминокислотных последовательностей из 90 нуклеотидов: моего белка BTUF_ECOLI и фрагмента, взятого по адресу http://kodomo.cmm.msu.ru/FBB/year_05/term2/listseq.htm. Вес выравнивания оказался равен 46. Так как я и так пытался сделать выравнивание макслимально эффективным, то способ увеличть его вес я не придумал.
Выравнивание находится в файле first_aln.txt.

Построение выравнивания двух реальных последовательностей

С помошью редактора GeneDoc я построил выравнивание аминокислотных последовательностей своего белка и его гомолога из Yersinia pestis BTUF_YERPE.
Результат я сохранил в файле second_aln.msf.

Таблица 1 Выравнивание, экспортированное в html.

5

1

0

1

5

2

0

2

5

3

0

3

5

4

0

4

5

5

0

5

5

6

0

s

w

|

P

3

7

0

2

8

|

1

:

M

A

K

-

S

L

F

-

-

-

R

A

-

L

V

A

L

-

S

F

L

A

P

L

W

L

N

A

A

P

R

V

I

T

L

S

P

A

N

T

E

L

A

F

A

A

G

I

T

-

-

P

V

G

V

S

S

Y

S

D

:

5

2

u

n

i

r

e

f

1

0

0

|

1

:

M

M

P

L

G

L

F

P

L

P

R

A

A

A

V

L

L

I

S

-

L

L

T

L

P

A

Q

A

A

E

R

V

I

S

L

S

P

S

T

T

E

L

A

Y

A

A

G

L

G

D

K

L

V

A

V

S

A

Y

S

D

:

5

9

M

L

F

R

A

V

L

S

L

L

A

A

R

V

I

L

S

P

T

E

L

A

A

A

G

V

V

S

Y

S

D

6

5

7

0

7

5

8

0

8

5

9

0

9

5

1

0

0

1

0

5

1

1

0

1

1

5

1

2

0

s

w

|

P

3

7

0

2

8

|

5

3

:

Y

P

P

Q

A

Q

K

I

E

Q

V

-

S

T

W

Q

G

M

N

L

E

R

I

V

A

L

K

P

D

L

V

I

-

A

W

R

G

G

N

A

E

R

Q

V

D

Q

L

A

S

L

G

I

K

V

M

W

V

D

A

T

:

1

1

0

u

n

i

r

e

f

1

0

0

|

6

0

:

Y

P

E

S

A

K

K

L

E

H

V

A

S

-

W

Q

G

I

N

V

E

R

I

L

A

L

K

P

D

L

-

I

L

A

W

R

G

G

N

P

Q

R

P

L

D

Q

L

A

A

L

G

I

P

I

F

Y

S

D

P

T

:

1

1

7

Y

P

A

K

E

V

S

W

Q

G

N

E

R

I

A

L

K

P

D

L

I

A

W

R

G

G

N

R

D

Q

L

A

L

G

I

D

T

1

2

5

1

3

0

1

3

5

1

4

0

1

4

5

1

5

0

1

5

5

1

6

0

1

6

5

1

7

0

1

7

5

1

8

0

s

w

|

P

3

7

0

2

8

|

1

1

1

:

S

I

E

Q

I

A

N

A

L

R

Q

L

A

P

W

S

P

Q

P

D

K

A

E

Q

A

A

Q

S

L

L

D

Q

-

Y

A

Q

L

K

A

Q

Y

A

D

K

-

P

K

K

R

V

F

L

Q

F

G

I

N

P

P

F

:

1

6

8

u

n

i

r

e

f

1

0

0

|

1

1

8

:

H

I

D

Q

I

A

S

D

L

D

K

L

A

Q

Y

S

P

H

P

E

Q

A

H

Q

A

A

E

Q

F

R

-

Q

H

V

N

T

L

R

D

R

Y

A

R

S

Q

P

-

K

R

T

F

L

Q

F

G

T

Q

P

L

F

:

1

7

5

I

Q

I

A

L

L

A

S

P

P

A

Q

A

A

Q

L

Y

A

P

K

R

F

L

Q

F

G

P

F

1

8

5

1

9

0

1

9

5

2

0

0

2

0

5

2

1

0

2

1

5

2

2

0

2

2

5

2

3

0

2

3

5

2

4

0

s

w

|

P

3

7

0

2

8

|

1

6

9

:

T

S

G

K

E

S

I

Q

N

Q

V

L

E

V

C

G

G

E

N

I

F

K

D

S

R

V

P

W

P

Q

V

S

R

E

Q

V

L

A

R

S

P

Q

A

I

V

I

T

G

G

P

D

Q

I

P

K

I

K

Q

Y

W

:

2

2

8

u

n

i

r

e

f

1

0

0

|

1

7

6

:

T

S

S

G

H

T

L

Q

S

E

V

V

S

L

C

G

G

E

N

I

F

A

D

S

R

V

P

W

P

Q

V

S

R

E

Q

V

M

T

R

K

P

Q

V

I

V

V

S

G

T

Q

S

Q

V

D

N

V

S

A

F

W

:

2

3

5

T

S

Q

V

C

G

G

E

N

I

F

D

S

R

V

P

W

P

Q

V

S

R

E

Q

V

R

P

Q

I

V

G

Q

W

2

4

5

2

5

0

2

5

5

2

6

0

2

6

5

2

7

0

2

7

5

2

8

0

2

8

5

s

w

|

P

3

7

0

2

8

|

2

2

9

:

G

E

Q

L

K

I

P

V

I

P

L

T

S

D

W

F

E

R

A

S

P

R

I

I

L

A

A

Q

Q

L

C

N

-

-

A

L

S

-

-

-

Q

V

D

-

-

-

:

2

6

6

u

n

i

r

e

f

1

0

0

|

2

3

6

:

L

P

Q

L

V

V

P

V

I

A

L

N

E

D

W

F

N

R

A

S

P

R

I

L

L

A

A

Q

Q

L

C

Q

Q

M

A

-

S

I

P

T

P

V

A

E

S

H

:

2

8

0

Q

L

P

V

I

L

D

W

F

R

A

S

P

R

I

L

A

A

Q

Q

L

C

A

S

V

На главную страницу
На страницу второго семестра