Candidatus Pelagibacter ubique являются океанскими углеродистыми
бактериями рециркуляции, имеющими один из самых простых и коротких
геномов, они принадлежат к группе бактерий, известных как SAR 11,
названных из-за их открытия в Саргассовом море. SAR 11 является
доминирующей формой жизни в Саргассовом море, где большинство других
форм жизни не может выжить. C. Pelagibacter ubique является самым
распространенным организмом в морской воде, где она составляет
приблизительно 25 % всего планктона. C. Pelagibacter ubique играет
ключевую роль в рециркуляции органического углерода, который
используется фотосинтетическими морскими водорослями, чтобы
воспроизвести большую часть поставки кислорода Земли. Геном состоит
из 1 308 759 пар оснований. Генетический анализ указывает, что C.
Pelagibacter ubique стала доминирующей формой жизни в океанах в
значительной степени, будучи самой простой, а все благодаря ее
приспособительным способностям и поддержанию жизнедеятельности при
недостатке питательных веществ.
Состав записи 1OCX банка PDB, а также описание белка
Информация о бактерии Candidatus Pelagibacter:
HEADER TRANSFERASE 11-FEB-03 1OCX
TITLE E. COLI MALTOSE-O-ACETYLTRANSFERASE
В поле HEADER содержится название класса белка – фермент – трансфераза, дата публикация в PDB (11-FEB-03), идентификатор в PDB 1OCX.
В TITLE – из какого организма белок - ESCHERICHIA COLI, информация о функциях белка (мальтозо-о-ацетил трансфераза), название.
В поле COMPND написано полное название и количество полипептидных цепей (3: A,B и C), то что белок получен генно-инженерным методом, а так же что у белка нету мутаций, и что он существует в комплексе с триметил свинцом (лиганд).
В поле SEQRES написано, что цепи A, В и С – одинаковые (белок гомотример).
В поле HET сказано, что лиганды – 5 молекул триметил свинца, а также имеется 304 молекулы воды.
В поле HETNAM расшифровано трехбуквенное название лигандов.
В поле FORMUL – брутто-формула лигандов.
Цепь В.
Характеристика вторичной структуры:
Количество альфа-спиралей: 12
Количество бета-тяжей: 66
Количество бета-поворотов: 68
Таким образом, перед нами альфа-бета белок (НО преимущественно бета!).
Точечная диаграмма зависимости торсионных углов Фи и Пси, в которой по оси абсцисс откладывается Фи, а по оси ординат - Пси, и углы меняются от -180 градусов до 180 градусов, называется картой Рамачандрана. Ниже приведены карты Рамачандрана для участка цепи В (4-9) белка 1OCX и для всей цепи
Первая диаграмма показывает торсионные углы для остатков данного элемента 4-9:B. Полученные значения характерны для альфа-структур.
Вторая диаграмма показывает, что белок состоит по большей части из бета-структур, а также значение углов Фи и Пси(верхняя левая часть диаграммы, Пси от 80 до 180, Фи от -40 до -170), и в меньшей части из альфа-спиралей (центр диаграммы, немного левее оси ординат, Пси от -50 до 5, Фи от -50 до -130)
Точки, не принадлежащие данным скоплениям, могут соответствовать глицину.