Учебная страница Голикова Виктора
На главную
Первый семестр
1.Описание белка бактерии MAA_ECOLI 2.Бактерия Candidatus Pelagibacter 3.Состав записи 1OCX банка PDB, а также описание белка 4.Контакты триметил свинца (лиганд А1184) с белком 1OCX 5.Элемент вторичной структуры и водородные связи 6.Торсионные углы
Второй семестр
Кнопка

Первый семестр


Описание белка бактерии MAA_ECOLI

Скачать результаты исследований на свой ПК




Бактерия Candidatus Pelagibacter

Информация о бактерии
Candidatus Pelagibacter:

Candidatus Pelagibacter ubique являются океанскими углеродистыми бактериями рециркуляции, имеющими один из самых простых и коротких геномов, они принадлежат к группе бактерий, известных как SAR 11, названных из-за их открытия в Саргассовом море. SAR 11 является доминирующей формой жизни в Саргассовом море, где большинство других форм жизни не может выжить. C. Pelagibacter ubique является самым распространенным организмом в морской воде, где она составляет приблизительно 25 % всего планктона. C. Pelagibacter ubique играет ключевую роль в рециркуляции органического углерода, который используется фотосинтетическими морскими водорослями, чтобы воспроизвести большую часть поставки кислорода Земли. Геном состоит из 1 308 759 пар оснований. Генетический анализ указывает, что C. Pelagibacter ubique стала доминирующей формой жизни в океанах в значительной степени, будучи самой простой, а все благодаря ее приспособительным способностям и поддержанию жизнедеятельности при недостатке питательных веществ.




Список литературы:

  • http://www.ebi.ac.uk/2can/genomes/bacteria/Candidatus_Pelagibacter_ubique.html
  • http://www.mbari.org/seminars/2005/spring2005/april15_giovannoni.htm
  • http://www.ebi.ac.uk/integr8/OrganismStatsAction.do?orgProteomeId=21920



    Наверх

    Состав записи 1OCX банка PDB, а также описание белка

    Информация о бактерии
    Candidatus Pelagibacter:

    HEADER TRANSFERASE 11-FEB-03 1OCX
    TITLE E. COLI MALTOSE-O-ACETYLTRANSFERASE
    В поле HEADER содержится название класса белка – фермент – трансфераза, дата публикация в PDB (11-FEB-03), идентификатор в PDB 1OCX.
    В TITLE – из какого организма белок - ESCHERICHIA COLI, информация о функциях белка (мальтозо-о-ацетил трансфераза), название.
    В поле COMPND написано полное название и количество полипептидных цепей (3: A,B и C), то что белок получен генно-инженерным методом,
    а так же что у белка нету мутаций, и что он существует в комплексе с триметил свинцом (лиганд).
    В поле SEQRES написано, что цепи A, В и С – одинаковые (белок гомотример).
    В поле HET сказано, что лиганды – 5 молекул триметил свинца, а также имеется 304 молекулы воды.
    В поле HETNAM расшифровано трехбуквенное название лигандов.
    В поле FORMUL – брутто-формула лигандов.

    Цепь В. Характеристика вторичной структуры:
    Количество альфа-спиралей: 12
    Количество бета-тяжей: 66
    Количество бета-поворотов: 68

    Таким образом, перед нами альфа-бета белок (НО преимущественно бета!).

    Цепь В:



    Наверх

    Контакты триметил свинца (лиганд А1184) с белком 1OCX

    Контакты триметил свинца (лиганд А1184) с цепью А белка в записи 1OCX:

      Идентификаторы остатков, контактирующие (S<5A) c лигандом A1184 (триметил свинцом):
      SER 2:A, THR 3:A, GLU 6:A

      Изображение остатка 2:А с лигандом A1184:




      Наверх

      Элемент вторичной структуры и водородные связи

      Элемент вторичной структуры белка 1OCX:

      Рассмотрим участок 4-9 цепи В.

      ЗАКОНОМЕРНОСТЬ:
      связи: LYS 5B - ILE 9B
      GLU 4B - MET 8B

      ПРАВИЛО:
      Азот и водород n-ого остатка образуют связь с соответственно кислородом и азотом (n+4)-ого остатка.




      Водородные связи на участке 138-153 цепи В.

      На 2-ом рисунке красным отмечены альфа-спирали,
      желтым - бета-тяжи,
      синим - бета-повороты,
      белым - участки без определенной структуры.



      Наверх

      Торсионные углы

      Торсионные углы Фи и Пси:

      Точечная диаграмма зависимости торсионных углов Фи и Пси, в которой по оси абсцисс откладывается Фи, а по оси ординат - Пси, и углы меняются от -180 градусов до 180 градусов, называется картой Рамачандрана.
      Ниже приведены карты Рамачандрана для участка цепи В (4-9) белка 1OCX и для всей цепи



      Первая диаграмма показывает торсионные углы для остатков данного элемента 4-9:B. Полученные значения характерны для альфа-структур.
      Вторая диаграмма показывает, что белок состоит по большей части из бета-структур, а также значение углов Фи и Пси(верхняя левая часть диаграммы, Пси от 80 до 180, Фи от -40 до -170), и в меньшей части из альфа-спиралей (центр диаграммы, немного левее оси ординат, Пси от -50 до 5, Фи от -50 до -130)
      Точки, не принадлежащие данным скоплениям, могут соответствовать глицину.

      Наверх