Исследование структуры тРНККраткое описание структуры в файле 1c0a.pdbВ файле приведены координаты атомов следующих молекул:ASPARTYL TRNA - 1 молекула; ASPARTYL TRNA SYNTHETASE - 1 молекула. Молекулы получены из организма кишечной палочки - ESCHERICHIA COLI. Для исследования была выбрана цепь B, представляющая аспартил-тРНК со следующей последовательностью: [601] 5' - GGAGCGGUAG UUCAGUCGGU UAGAAUACCU GCCUGUCACG CAGGGGGUCG CGGGUUCGAG UCCCGUCCGU UCCGCCA - 3' [676], где 601 и 676 - номера первого и последнего нуклеотида.В последовательности на 3'-конце имеется триплет CCA, к которому присоединяется аминокислота. В PDB-файле приведены координаты его атомов. Исследование вторичной структурыС помощью программы find_pair пакета 3DNA были определены возможные водородные связи между азотистыми основаниями. (1C0A.out)Strand I Strand II Helix 1 (0.016) B:.601_:[..G]G-----C[..C]:.672_:B (0.004) | 2 (0.010) B:.602_:[..G]G-----C[..C]:.671_:B (0.007) | 3 (0.006) B:.603_:[..A]A-----U[..U]:.670_:B (0.008) | 4 (0.011) B:.604_:[..G]G-*---U[..U]:.669_:B (0.006) | 5 (0.008) B:.605_:[..C]C-----G[..G]:.668_:B (0.006) | 6 (0.012) B:.606_:[..G]G-----C[..C]:.667_:B (0.006) | 7 (0.011) B:.607_:[..G]Gx----C[..C]:.666_:B (0.006) | 8 (0.007) B:.649_:[..G]G-*---P[PSU]:.665_:B (0.044) | 9 (0.003) B:.650_:[..C]C-----G[..G]:.664_:B (0.010) | 10 (0.006) B:.651_:[..G]G-----C[..C]:.663_:B (0.002) | 11 (0.009) B:.652_:[..G]G-----C[..C]:.662_:B (0.003) | 12 (0.009) B:.653_:[..G]G----xC[..C]:.661_:B (0.007) | 13 (0.010) B:.654_:[5MU]u-**-xA[..A]:.658_:B (0.006) | 14 (0.045) B:.655_:[PSU]Px**+xG[..G]:.618_:B (0.004) x 15 (0.004) B:.638_:[..C]C-*---C[..C]:.632_:B (0.005) | 16 (0.005) B:.639_:[..G]G-----C[..C]:.631_:B (0.008) | 17 (0.004) B:.640_:[..C]C-----G[..G]:.630_:B (0.009) | 18 (0.005) B:.641_:[..A]A-----U[..U]:.629_:B (0.008) | 19 (0.007) B:.642_:[..G]G-----C[..C]:.628_:B (0.004) | 20 (0.006) B:.643_:[..G]G-----C[..C]:.627_:B (0.008) | 21 (0.005) B:.644_:[..G]Gx*---A[..A]:.626_:B (0.004) | 22 (0.004) B:.610_:[..G]G-*---U[..U]:.625_:B (0.008) | 23 (0.011) B:.611_:[..U]U-----A[..A]:.624_:B (0.003) | 24 (0.007) B:.612_:[..U]U-----A[..A]:.623_:B (0.013) | 25 (0.006) B:.613_:[..C]C----xG[..G]:.622_:B (0.007) | 26 (0.006) B:.614_:[..A]A-**-xu[4SU]:.608_:B (0.006) | 27 (0.007) B:.615_:[..G]Gx**+xC[..C]:.648_:B (0.006) x 28 (0.010) B:.619_:[..G]G-----C[..C]:.656_:B (0.004) + В соответствии с полученными данными: акцепторный стебель состоит из участка 601-607 и комплементарного ему участка 666-672; Т-стебель состоит из участка 649-652 и комплементарного ему участка 662-665; D-стебель состоит из участка 610-613 и комплементарного ему участка 622-625; антикодоновый стебель состоит из участка 639-643 и комплементарного ему участка 627-631. Эти выводы мы делаем на основании статьи и, в частности, данного изображения:
Неканоническая пара G - U (604 - 669): Можно отметить отсутствие остатка тимидина в Т-петле и отсутствие дигидроуридинов в D-петле, возможно наличие вариабельной петли (вероятное месторасположение отмечено на рисунке красным):
Исследование третичной структурыПрограмма analyze обнаружила 27 возможных стекинг-взаимодействий.step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 1 GG/CC 3.25( 1.63) 0.00( 0.00) 1.29( 0.00) 0.00( 0.00) 4.54( 1.63) 2 GA/UC 2.44( 1.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.06( 0.31) 3.50( 1.31) 3 AG/UU 1.01( 1.00) 0.00( 0.00) 0.37( 0.00) 0.27( 0.00) 1.65( 1.00) 4 GC/GU 6.94( 3.74) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 7.26( 4.40) 14.20( 8.14) 5 CG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.18( 2.30) 0.00( 0.00) 5.18( 2.30) 6 GG/CC 4.02( 2.78) 0.00( 0.00) 0.38( 0.00) 0.02( 0.00) 4.43( 2.78) 7 GG/PC 1.28( 0.12) 0.00( 0.00) 0.63( 0.00) 0.03( 0.00) 1.94( 0.12) 8 GC/GP 5.83( 2.80) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 7.19( 3.81) 13.02( 6.60) 9 CG/CG 0.06( 0.00) 0.00( 0.00) 4.24( 1.54) 0.11( 0.00) 4.41( 1.54) 10 GG/CC 4.18( 2.83) 0.00( 0.00) 0.43( 0.00) 0.01( 0.00) 4.62( 2.83) 11 GG/CC 4.42( 3.05) 0.00( 0.00) 0.41( 0.00) 0.00( 0.00) 4.83( 3.05) 12 Gu/AC 7.68( 2.61) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.71( 2.57) 13.39( 5.18) 13 uP/GA 5.83( 1.71) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.19( 3.13) 12.02( 4.84) 14 PC/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 15 CG/CC 2.11( 1.29) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.29( 0.52) 4.39( 1.81) 16 GC/GC 5.05( 2.41) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.27( 3.17) 11.32( 5.57) 17 CA/UG 0.09( 0.00) 0.00( 0.00) 2.94( 1.76) 0.00( 0.00) 3.03( 1.76) 18 AG/CU 0.52( 0.52) 0.00( 0.00) 0.66( 0.00) 0.00( 0.00) 1.18( 0.52) 19 GG/CC 2.44( 1.00) 0.00( 0.00) 0.28( 0.00) 0.08( 0.00) 2.80( 1.00) 20 GG/AC 1.22( 0.01) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.38( 2.82) 5.61( 2.82) 21 GG/UA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.91( 0.52) 0.91( 0.52) 22 GU/AU 6.75( 4.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.59( 4.39) 12.34( 8.39) 23 UU/AA 1.26( 0.17) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.04( 1.80) 3.30( 1.97) 24 UC/GA 1.27( 0.13) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.55( 3.31) 5.82( 3.44) 25 CA/uG 0.00( 0.00) 1.48( 0.00) 5.68( 2.83) 0.00( 0.00) 7.16( 2.83) 26 AG/Cu 2.23( 0.60) 0.00( 0.00) 0.35( 0.00) 0.00( 0.00) 2.58( 0.60) 27 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) Исследуем возможность стекинг-взаимодействия между основаниями конца акцепторного стебля и начала Т-стебля. Для этого рассмотрим водородные связи на данном участке: 7 (0.011) B:.607_:[..G]Gx----C[..C]:.666_:B (0.006) | 8 (0.007) B:.649_:[..G]G-*---P[PSU]:.665_:B (0.044) |Найдем стекинг-взаимодействие G607-G649 и C666-P665: step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 7 GG/PC 1.28( 0.12) 0.00( 0.00) 0.63( 0.00) 0.03( 0.00) 1.94( 0.12) С помощью программы stack2img получим изображение этого стекинг-взаимодействия: Площадь перекрытия - 1.94 квадратных ангстрем, это значение относительно невелико, что мы и можем наблюдать на рисунке. Соответственно, возможность образования стекинг-взаимодействия достаточно низкая. 2. Есть ли дополнительные водородные связи между основаниями D- и Т-петель? Если есть, то укажите номера нуклеотидов в структуре, количество канонических и неканонических пар, приведите картинку, иллюстрирующую водородные связи в какой-либо из таких пар, на картинке приведите только основания и их номера. |